您可以使用iPad上的Apple Pencil或其他兼容的触控笔，在PDF文件上做笔记。以下是在iPad上使用笔在PDF文件上做笔记的方法：
1. 打开PDF文件：使用iPad上的PDF阅读器应用程序（如Apple的iBooks、Adobe Acrobat Reader等）打开您要做笔记的PDF文件。
2. 选择Pen Tool（笔工具）：在PDF阅读器应用程序中，通常会有一个工具栏或菜单栏，包含不同的标记和注释工具。找到类似“Pencil”、“Pen”或“笔”等工具图标，并选择它。
3. 选择画笔和颜色：一旦您选择了笔工具，通常会有一个画笔和颜色选择器可供选择。选择您喜欢的画笔风格和颜色。
4. 做笔记：使用Apple Pencil或触控笔，在PDF文件的页面上书写、画图或做出笔记。您可以拉动画笔以产生连续线条，还可以使用不同颜色、粗细和透明度。
5. 保存和导出：完成笔记后，根据应用程序的功能，您可以选择保存、导出或共享您的修改。通常会有一个保存按钮，点击它以保存您的编辑。
请注意，确切的操作步骤和工具栏的位置可能会因使用的PDF阅读器应用程序而有所不同。您可以在应用程序的帮助文档中查找关于在PDF文件上做笔记的详细指南。
另外，如果您使用iPad上的Notability或GoodNotes等专业的手写笔记应用程序，它们通常提供更丰富的手写和标记功能，并且可以直接在PDF文件上添加文本、绘图、高亮和注释等。这些应用程序也值得一试。
在iPad上，在使用预装的iBooks应用程序浏览PDF文件时，您可以使用Apple Pencil或其他兼容的触控笔进行手写笔记。
只需打开所需的PDF文件，在屏幕底部的工具栏上选择“标记”，然后选择“钢笔”工具。
您可以选择颜色，调整笔刷粗细，并在PDF文件上直接进行手写笔记。
您还可以使用文本工具添加文本或注释，并使用高亮、下划线或批注等功能来突出重点。
完成后，您可以保存和共享带有笔记的PDF文件。
