1、成分上的不同
益生菌是有生物活性的细菌，益生元主要是无生物活性的糖类物质。
益生菌通过调理肠道菌群，维持肠道菌群的平衡，从而促进营养物质的吸收、提高免疫力、预防和治疗便秘及腹泻等。
益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是维持益生菌的“养料”， 促进益生菌的生长繁殖，或者说是益生菌的专享食物。
2、作用方式不同
益生元是促进肠道有益菌的生长从而发挥间接作用，益生菌是直接作用
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