《儒林外史》的复体结构可以说是其独特之处。小说中采用了多种文体，包括散文、诗歌、戏曲等，同时又融合了小说和传记的元素。通过多种文体的交错运用，小说刻画了丰富的社会人物形象和社会生活场景，展现出清代儒士的世态人情和文化思想。
此外，小说还采用了双线叙事的手法，一条线索是主人公陶渊明的生平经历，另一条线索则是以陶渊明为中心的儒林世界。通过这种复杂的叙事结构，小说不仅展现了清代社会的多元化特征，还表达了作者对社会现实的深刻思考和对文化价值的重视。
儒林外史分三部分：
在整体结构上，《儒林外史》小说开头第一回，以“楔子”的形式讲述元末明初读书人王冕的故事，用来“敷陈大义”，“隐括全文”；这是第一回。小说最后一回第五十六回，写明万历四十三年、四十四年就是公元1615、1616年，皇帝下诏张榜，表彰《儒林外史》当中先后出场的九十一位人物，当然除了这九十一位人物以外，《儒林外史》还有很多的人物。有人统计《儒林外史》前前后后一共写了四百多的人物，但是九十一个人物是作为儒林当中的主要人物。所以这张榜里头就包含着九十一个人物，以“幽榜”，因为这九十一个人物都去世了吗，去世以后封赠他们的，所以叫“幽榜”，来回应第一回的“楔子”，绾结全书一百多年的故事。第一回、第五十六回，全书首尾呼应，浑然一体。
除去这前后两回，《儒林外史》主体故事一共是五十四回，这五十四回可以分为三部分：
第一部分，从第二回到第三十回，主要叙述一生奔竞于科举道路上的读书人和沉迷于吟诗雅集的名士们的故事，描写科举盛行时期读书人生活中普遍的文化失范状态，以及读书人群体的人性扭曲、人格堕落和风俗败坏。这是第一个部分。
第二个部分，从第三十一回到第三十七回，以杜少卿、迟衡山、庄绍光、虞育德等等一批真儒贤人作为中心，重点描述了修祭泰伯祠的故事。泰伯祠祭典成为一场儒林中人集体践行的礼仪活动，将全书的情节推向了高潮。
第三部分，从第三十八回到第五十五回，一方面叙写儒家礼仪和道德理想在日常实践中的实施和挫败的过程，因为前头是祭礼的，后面就讲在日常实践中的实施，这是一方面；另外一方面，叙写了社会风气日趋恶劣，文人名士越来越堕落，最后以四位“市井奇人”的故事，表达了对读书人人生出路的一种探索。这是三个大的部分。
