主要区别有以下几点：
一，侧重点不同，国家实验室主要侧重于应用研究，国家重点实验室主要侧重于基础研究。
二，任务不同，国家重点实验室是针对国家发展、国家安全的重要领域和方向，开展创新性研究。国家实验室是针对某种产业技术进行攻关。
三，管理部门不同，国家重点实验室的管理部门是科技部，国家实验室的管理部门是国家发改委。
区别:1:国家重视程度不一样，国家实验室代表国家最高水平，是按国际一流标准建立的，规模非常大，基本包括本学科领域所有研究方向。
而国家重点实验室是由国家评的，评上后以后每年可以从国家多拿些钱，全国有几百个，而且研究方向比较窄。
2、投资力度不一样，国家实验室是由国家直接投资数亿建立，国家重点实验室由地方或者学校出资。
3、研究方向不一样，国家实验室代表国家最高水平，是按国际一流标准建立的，规模非常大，基本包括本学科领域所有研究方向。
4、组成人员不一样。而且人员配备上要求面向国内外招聘最优秀的研究人员，直接参与国际竞争，往往是多学科交叉的创新平台。1同步辐射国家实验室中国科学技术大学（合肥）
2正负电子对撞机国家实验室高能物理研究所（北京）
3重离子加速器国家实验室近代物理研究所（兰州）
4材料科学国家实验室金属研究所（沈阳）
二、已经批复正在兴建的国家实验室有5个，分别是：
1北京凝聚态物理国家实验室中国科学院物理研究所2合肥微尺度物质科学国家实验室中国科技大学3武汉光电国家实验室华中科技大学等单位4清华信息科学与技术国家实验室清华大学5北京分子科学国家实验室北京大学、中国科学院化学研究所
