功能上的区别：
1、电子护照在签发和管理模式上与之前传统护照的区别在于：电子护照里面嵌入了一块智能芯片，芯片上记录了护照持有人的个人信息，其中包括生物信息。生物信息有较好的抗模仿性，例如，指纹和眼红膜等难以被模仿或修改，防伪性能有极大提高。
2、电子护照安全系数高，不易被伪造。在制作电子护照时，有关信息被加密存储至芯片中，具有难以被篡改的数字安全性，让“不法图谋者”无法找到可乘之机。
3、电子芯片具有相当高的信息存储量。护照持有人的相片经过数字化分析后，将形成“面相特征”数据存储在芯片中。当持有人出入境时，关口会再次对持有人现场照相，并与芯片中储存的数据进行比对，减少了判别护照真伪时对肉眼的依赖
外观上的区别：
在外观设计上，电子普通护照采用了以“辉煌中国”为主题的图案元素，并采用常光、荧光及水印三种图案形式共同表现主题。其中常光、荧光图案分别选择了31个省、自治区、直辖市及香港、澳门、台湾具有地域性代表的元素进行设计，并通过“天安门”、“长城”、“天坛”等3个代表国家形象的元素进行联接;整个图案设计恢宏大气、蕴意深刻，既展示了我国的自然风貌，又展现了我国源远流长的历史文化和中华民族和谐统一的精神理念。
电子护照在办理时所需要的材料、费用、时限和以前的是一样的，不同的是电子护照在保留了现有的各项功能的同时在原有护照本的基础上嵌入了电子芯片，在电子芯片中存储了持照人的基本资料、五官肖像和指纹等信息。
也就是说在电子护照办理程序中比原来增加了指纹采集和签名信息。
美观的主题图案，既确保了电子普通护照的高安全性，又展示了国家形象。
