佐助年幼时因目睹宇智波一族被哥哥宇智波鼬所歼灭，从而走上复仇之路。在终结之谷与漩涡鸣人展开激战，将鸣人打败后叛离木叶前去追随大蛇丸。三年后，佐助将大蛇丸吸收，并成功赢得了兄弟之战，但事后从带土口中得知了鼬的灭族真相，于是决定摧毁木叶。
第四次忍界大战中，佐助与秽土转生后的鼬相遇并协力打败药师兜，因为鼬的话而思想产生波动，自此佐助的想法再次发生了变化。为了进一步了解忍者、家族、哥哥的过去，佐助复活了大蛇丸，并与秽土转生后的四位火影进行交谈，在听完他们的回答后决定继承鼬的意志守护木叶，并希望成为火影改变木叶的政治体制。
第四次忍界大战结束后，佐助因对于维护世界和平的道路选择和鸣人不同，而在终结之谷与鸣人进行了最后一战，结果两人各断一条手臂。最终佐助被鸣人感化，认同了鸣人的道路，终于回归木叶，并重新成为木叶的一员。此后佐助独自一人环游忍界，暗中默默地守护木叶。
博人传中，收漩涡博人为弟子。
带土在神无毗桥之战中为救卡卡西被岩石压中处于濒死状态，他将写轮眼与守护暗恋的女孩野原琳的愿望一同托付给挚友旗木卡卡西。
后为宇智波一族前任首领宇智波斑所救，在他的阴谋设计下目睹了野原琳死亡后痛不欲生，认识到战争的残酷，从此堕入黑暗，认可了斑的思想。决定利用十尾的查克拉对整个世界发动巨型幻术无限月读，创造一个没有战争、永远和平的理想世界，一个有琳的世界，从而成为“晓组织”的实际操纵者，曾协助宇智波鼬参与灭族行动。他不仅与药师兜发动了第四次忍界大战，而且还成为了忍界史上第二位十尾人柱力。
在第四次忍界大战中与忍者联军、漩涡鸣人以及宇智波佐助的战斗中被逐渐感化，想起自己曾经有着成为火影的梦想。重拾自我后帮助第七班的成员与大筒木辉夜进行了异空间对决，在替鸣人和卡卡西挡下了辉夜的共杀灰骨，留下对鸣人的祝福后牺牲前往另一个世界与琳重逢，用剩下的查克拉在最后一刻帮助第七班击败大筒木辉夜。
