由于连年的种植，致使其发病的生理小种已经出现，病菌的种群数量在逐年增加，如果大面积种植引起病害发生的可能性极大。
农业生产实践证明，单一的农作物区面积过大给自然界带来许多危害，如土壤营养物质的偏耗，土壤中有毒物质的累积，病虫害加剧，作物产量降低，产品质量下降。
1、土壤营养物质偏耗
某些作物连作或复种连作，会导致土壤理化性状显著恶化，不利于同种作物的继续生长。连作可使土壤有效养分的比例发生变化，特别是氮/磷、钾/磷、钾/硫、钙/镁的比例明显下降，引起土壤养分失调，如烤烟多年连作后田块氮肥利用率平均每年下降4.8个百分点、磷肥利用率下降0.7个百分点，钾肥利用率下降3.2个百分点，从而影响烟株生长，造成烟叶明显减产。
2、造成土壤中有毒物质的积累
单一作物连作多年后作物的根系、叶片、植物残体会造成土壤有毒物质的大量积累，如有机酸、萜烯类根系分泌物的积累，从而抑制作物的生长和发育。如桃树连作，因前作的残根中含有大量的扁桃甙和扁桃甙酶（线虫也分泌这种酶），当桃树根细胞死亡后，经水分解和酶的作用，又将扁桃甙分解成甲醛和氰酸等有毒物质，使新栽桃树的根呼吸受阻，引起根系腐烂，桃树苗衰弱甚至死亡。因此，桃树园更不能连作。
3、促使病害加剧
连作为病原菌的寄生与传播提供了有利条件，作物很多病原菌都可以在土壤或作物残株余物中存活2~3年或更长时间。如烟草黑劲病的病原菌可以在土壤中存活3年以上，瓜类枯萎病菌可以在土壤中存活8年左右，烟草连作黑劲病的发病率为28~99%。西瓜连作，枯萎病发生严重；茄科蔬菜连作，疫病、枯萎病等发生严重；姜连作，可导致严重的姜瘟；草莓连作两年以上死苗率在30~50%。主要原因是土壤地力消耗过大，影响作物生长发育，降低作物抗病能力。其次由于连续种植一类作物，使相应的某些病菌小种得以连年繁殖，在土壤中大量积累，形成病土，又产生其他病害。
4、容易产生虫害和草害
处于长期连作的地块，作物害虫越冬基数得不到有效控制，特别是专一性寄主的害虫，生长繁殖能力强，对作物危害加剧，严重影响作物生长而造成减产。
处于长期连作的地块，因杂草得不到有效控制，其生长力和繁殖力增强，与作物争夺养分、水分、光和空间，导致作物生长环境恶化，造成作物产量、质量降低。
5、对作物生长受阻，导致产量降低、质量下降。
据烟草部门对烤烟连作考察数据表明，烤烟连作一年的烟株高降低13.1%，烟叶面积系数降低14.7%，产量降低6.7%，产值降低14.3%，中上等烟叶比例下降11.5%，烟叶平均价格下降9.2%；连作两年烟株高降低21.8%，烟叶面积系数降低19.4%，烟叶产量下降22.8%，产值下降41.4%，中上等烟叶比例下降19%，烟叶平均价格降低24.3%。以上连作质量下降主要表现在烟叶的钙、镁、锰、硼的含量增加，钾和糖的含量下降，烟碱含量上升，糖碱比例失调，香气质量变差。
