非遗馆是南京博物院“一院六馆”展览格局中的一馆，是南京博物院诸展馆中最靠近南侧大门的馆体，展览面积约2300平方米。
非遗馆展陈区划分为江苏省非物质文化遗产综合展厅、大师工坊、民俗艺苑、小剧场、老茶馆五个部分。综合展厅通过墙面图文及多媒体系统展出江苏非遗项目概况，并设有8个手工技艺活态展示区；大师工坊常年有传统技艺类项目国家级传承人驻场展示；民俗艺苑主要展示江苏二十四节气相关民俗、服饰、人生礼俗，并常年举办岁时节庆相关非遗项目的活态体验活动；小剧场和老茶馆常年展演非遗表演类项目，包括传统音乐、曲艺、传统戏曲。
南京博物馆的镇馆之宝，分别是玉串饰、战国错金银重络铜壶、郢爰、春秋金兽、东汉广陵王玺金印、错银饰青铜牛灯、东汉鎏金镶嵌兽形铜盒砚、青瓷神兽尊、南京竹林七贤与荣启期砖画、明釉里红岁寒三友纹梅瓶、明代金蝉玉叶、银缕玉衣、透雕人鸟兽玉饰、人面兽面组合纹玉琮、清代的金观音菩萨立像、明代的明鎏金喇嘛塔、明代的《坤舆万国全图》、明代的明青花寿山福海纹炉、明代的徐渭《杂花图卷》和民国沈寿绣品《耶稣像》 。这20件分别从石器、陶器、玉器、书画、瓷器、艺术品等多个种类中，由专家选择和市民进行投票选择出来。
这20件镇馆之宝中玉串饰、战国错金银重络铜壶、郢爰、春秋金兽、东汉广陵王玺金印、错银饰青铜牛灯、东汉鎏金镶嵌兽形铜盒砚、青瓷神兽尊、南京竹林七贤与荣启期砖画、明釉里红岁寒三友纹梅瓶都是国宝级文物。这些镇馆之宝有新石器时代、西汉、战国、东汉、西晋、明、清等各个时期的藏品。每个镇馆之宝都有他们独特的意义，比如战国时期的郢爰，郢爰是一种货币，它特别的意义在于他是我国最早的原始黄金铸币，郢爰这个名词的由来是以当时楚国的都城为名。
