一、挑选苗期没有什么病虫害，生长得比较健壮的马蹄田，还要看马蹄的表皮颜色，这样才能减少马蹄种带有病菌的几率，又能留下表皮好的马蹄做种子。
二、要想得到品质比较好的马蹄种，最好在马蹄还没有长芽的时候挑选出马蹄种，因此，以我家当时的做法，往往都是在春节前，天气比较干旱那段时间挑选择马蹄种。
三、挑选马蹄种不是一朝一夕的事情，需要一段时间才能做好。在挖马蹄过程中，发现芽端、荠带两端向外突出、表面光滑、芽头健壮又是独芽的马蹄做种子，并且这些马蹄不能有一点儿碰伤（擦破皮都不行）。
四、生长在泥土里面的马蹄，不同的土质所长出来的马蹄皮色并不相同，有的马蹄是黑褐色的表皮，有的是红褐色的表皮。因此，在农产品也讲究颜值的年代，马蹄种最好选红褐表皮的马蹄做种子（没得挑选的，只能用黑褐色的马蹄做种子）。
五、挑选出来的马蹄种，可以平铺在马蹄田的表面晒干表面的泥土层，也可以放在晒不到太阳的地方通风阴干泥土。请注意，个人不建议将马蹄种倒在水泥面上晒干泥土层，以防倒的时候碰伤马蹄种，也会伤到马蹄的芽头。
六、找一个比较阴凉的地方，在地面上铺一层细泥沙，倒上晾晒好的马蹄种。接着用泥沙封存（有条件的可以在泥表面喷施多菌灵等杀菌剂药水，注意不要喷得太湿）。
马蹄留种应选择地上部分生长旺盛而粗壮、霜前不倒伏、叶色发青、且病虫害少的田块作留种田，生长过旺和地上部分过早倒伏的不宜留种
