一、板块不同
沪市只有两个板块，分别是主板和B股，但是深市则多一些，不光有主板和B股，还有中小板、创业板，但是从2019年开始，证券市场多了一个板块，就是科创板，而科创板是属于沪市的。
二、股票代码不同
沪市的主板市场股票代码是60开头的，沪市的B股市900开头的，而深市的主板则是00开头，B股市200开头的，另外中小板是002开头，科创板是300开头，通过股票开头的数字我们可以判断出这只股票是属于沪市还是深市。
三、B股货币不同
对于沪市和深市的B股，他们交易使用的货币是不同的，沪市的B股使用的是美元，而深市的B股使用的则是港币。
四、账户托管不同
沪市中是指定交易，也就是说我们开户的时候，要选择一个券商作为委托的对象才行，以后我们交易就通过券商来进行委托。但是深市则更为自由，属于自由托管，随处买随处卖。
五、股本的不同
沪市中多为大盘蓝筹股，体量较大，而深市则更为偏向中小市场，体量相对较小。
六、交易系统的不同
两个市场基本的交易规则是差不多的，最大的区别在于收市的最后三分钟，这三分钟时间里在沪市是连续竞价，而在深市则是拍卖。
沪深两市都是证监会下属的国家证券交易所，深市主要是上市小盘的科技型中小企业的上市公司股票，沪市主要容纳国计民生相关和国民经济重要位置的国家大型龙头企业。这就是区别。
