鸣人最后成为了六代目火影 “晓之章”3年后，因为自来也的失误漩涡鸣人被“晓”带走，就在九尾封印就要揭开的时候。
3代火影留下的遗物之一------当年之一人之力消灭了企图背叛木叶的宇智波一族的在“晓”的木叶卧底宇智波鼬带回了鸣人。鼬的回归无疑增强了木叶的战力。纲手姬决定让缺乏战斗经验的鸣人跟随鼬执行“麻烦”的任务。另一方面，为了阻止大蛇丸的计划。木叶决定抢先出击，彻底消灭大蛇丸集团。当然作为自来也内应的药师兜发挥了关键的作用。这次包括自来也，宇智波鼬和旗木卡卡西等木叶强力上忍的行动获得了成功。大蛇丸被消灭了，打败大蛇丸的是自来也，但是最后杀死大蛇丸是看起来最忠于他的药师兜，但是忽略了“晓”的可能的反击的木叶也付出了沉重的代价。自来也，阿凯，鼬和卡卡西等人在与“晓”的混战中死亡！不过遭到沉重打击的“晓”暂时也撤退了。哥哥的死亡和小樱的鲜血（重伤）使得佐助最终被鸣人所感化，作为新的战力返回了木叶。这次战斗是得不尝失的战斗。纲手姬唯一值得高兴的就是木叶新一代忍者的成长。可以遇见，他们将是化解未来危机的关键。在中生代忍者中唯一的补充是药师兜，但是失去鼬众多有经验忍者对木叶来说是无法弥补的损失！ 接下来的几年是和平时期，新生代忍者中的佼佼者鸣人，佐助和鹿丸已经成为了新一代的上忍。初次带领自己部下宇智波佐助像当年卡卡西那样教导小忍们团队合作。所不同的是COPY忍者佐助常说的话是：“哥哥，卡卡西老师。我现在也是有部下的上忍了。他们都是继承了火的意志的人，在他们身上我看到了木叶的未来。你们看到这样的我会说什么呢？说什么呢？”。当然佐助和小樱就和当年的阿斯玛和红一样，是木叶绯闻的焦点。鸣人则和药师学长一起，长期在各国追踪“晓”的余党同时出版了新的亲热系列，和他们一起行动的还有变强后的日向雏田，等他们完成调查任务后雏田也成了某个孩子的母亲。木叶丸终于也从忍术学校毕业了，教导他的正是油女志乃。鼬的遗腹子正式进入了忍校，佐助以鼬为榜样鼓励他-----只有保护最宝贵的人才能获得力量，并承认自己永远都不可能超越鼬。为了巩固和沙忍的同盟，纲手姬决定撮合鹿丸和手鞠的政治婚姻。同时在木叶势力的支持下23岁的我爱罗正式成为了“风影”。最后的时刻终于来到了，歼灭“晓”的战斗开始。在风之国和火之国的合力作战中，5国最大的恐怖组织终于完结了。战斗是有代价的，5代火影走完了她的人生之路。在弥留之际纲手姬见到了绳树，断，猿飞老师，自来也，大蛇丸。她最后说了一声：“大家，我来了。。。。。。。。。。。”，热血李，宁次，志乃，佐助，勘九郎和丁次也在战斗中殉职。佐助临死前告诉鸣人：自己救他不是为了逞强，也不是为了报恩。而是自己太明白孩子失去亲人的痛苦了！春野樱受不了佐助的死爆走，离开了木叶。。。。。。。。在众人的追悼会后，鸣人正式成为了6代火影。接下来就是木叶丸的故事了！！！
