第1集:平行宇宙
隐居在第一平行宇宙地球的玄易子,一直以来都守护着一把关乎七大平行宇宙存亡与否的钥匙,十万年来都相安无事。但他万万没有想到,就在今天,冥王四大护法之一的狮王已经率领着冥界战士穿越时空来到了地球,他正是要来拿回这把钥匙。看似风平浪静的地球,其实正在酝酿着一场腥风血雨的大战。但地球中的两位普通中学生火麟飞和苗条俊,还丝毫没有察觉到危险正一步步在靠近他们,他们还在忘情的追求着一位偶遇的妙龄少女天羽。但这位天羽却让他们卷入冥界战士的追杀之中,最后还要随天羽一起逃亡。
第2集:玄易大师
天羽带着火麟飞和苗条俊逃到了玄易子的隐居之地,原来天羽是玄易子的徒弟,而且还是一位维护宇宙和平的超兽战士。她与火麟飞和苗条俊的偶遇,其实也是天羽精心安排的,目的是为了招募他们加入超兽战队一起对抗冥王,因为他们在十万年前也是超兽战士。但火麟飞和苗条俊对于这突如其来的一切即怀疑又抗拒,此时此刻他们只想离开这里,回到自己平静的生活之中。但一切都太迟了,狮王已经来到了这里,他要索回那把钥匙,那把开启玄冥之棺的钥匙。
第3集:狮王超兽
为了保护这把钥匙,天羽和玄易子拼死对抗着狮王,但最后狮王召唤出巨大无比的超兽,正要对天羽痛下毒手。危难之际,火麟飞挺身而出,拿出钥匙来换取天羽的性命。狮王一见到火麟飞竟然大吃一惊,从狮王的言语中看得出狮王是认识火麟飞的,他还把一个能召唤出超兽的异能锁交给火麟飞,这一切让火麟飞完全摸不着头脑,正想询问清楚时,狮王已经带着钥匙离开了,留下重重的谜团给火麟飞。
第4集:使命召唤
火麟飞有太多的谜团需要玄易子解答,于是玄易子一一告诉他,最后说到了这把钥匙,火麟飞这才知道这把钥匙的重要性。但现在钥匙已经落入狮王手中,这昭示着冥王很快就会复活,七大宇宙很快就会被黑暗吞噬。如今,玄易子唯一能做的就是尽快集结七大宇宙的超兽战士,一起前往冥界阻止冥王复活。火麟飞和苗条俊为了将功补过,决定也加入超兽战队一起讨伐冥王。但此刻,他们将要面对第一个挑战,因为狮王的副手银狮正率领着大军入侵地球,他们要斩草除根。
第5集:冥王复活
玄易子启动玄武号飞船,迎战由银狮率领的舰群。火麟飞和天羽驾驶着闪驰出外作战,而苗条俊则留在飞船内跟玄易子学习操作玄武号。最后火麟飞在玄易子的指点下,发出了绝技将银狮打败。首战告捷,但大战才刚刚开始,因为狮王已经解开了元冥之棺的封印,冥王在七天后将会复活,同时狮王还派遣了几位大将——龙莹、鲸鲨王、夜凌云镇守在各大平行宇宙中,拦截超兽战队的进发。但燃眉之急是,铺天盖地的冥界战船已经集结在地球前,他们想把玄易子等人扼杀在第一平行宇宙中。
第6集:使命轮回
面对这场不可战胜的战役,火麟飞和天羽尝试召唤超兽想力挽狂澜,可惜他们还没掌握到召唤超兽的技巧,最后都以失败告终。面对死亡的威胁,玄易子临危不乱发出终极绝技——元空灭,将自己与冥界的舰群一起封印在元空间中。火麟飞等人得以脱险,但却失去了玄易子。火麟飞等人痛定思痛,继续前往冥界完成使命。他们下一站将是第二平行宇宙——龙族世界。
第7集:第二平行宇宙
为了拦截火麟飞他们,狮王一早就派遣了龙莹镇守在第二平行宇宙中。但奇怪的是,龙莹一来到龙族世界,就以复仇的名义对青龙族人大开杀戒,目的是要取青龙族族长剑龙的首级,这是龙莹与剑龙之间埋藏了十万年的恩怨。但无人知道这是一段怎样的恩怨。与此同时,火麟飞等人也到达了第二平行宇宙,他们刚一降落就受到了一名青龙族人龙戬的攻击,双方一番打斗过后,才知道是一场误打,原来龙戬就是这个宇宙的超兽战士。
第8集:蝎王超兽
龙戬领着火麟飞等人前往水龙城,这时龙戬才发现自己的师父剑龙已经惨死在龙莹手下。不仅这样,如今连天羽也惨遭毒手,被龙莹的毒尾刺伤。于是龙戬和火麟飞一起联手对抗龙莹。但龙莹很快就召唤出毒蝎超兽,火麟飞和龙戬他们很快就招架不住。他们想尝试召唤出超兽,但火麟飞一召唤超兽就全是列火焚身,而龙戬则冰冷无比,在危机关头幸好苗条俊驾驶这玄武号救了他们,但天羽却被龙莹给抓去。火麟飞毅然前往营救,不料却陷入龙莹军团的包围。
第9集:热血交融
火麟飞负伤陷入重围,关键时刻龙戬出现,一起迎战龙莹。奇怪的是龙莹似乎认识龙戬,但龙戬却没有理会她,二话不说大打出手。但终究还是不敌,龙戬和火麟飞被双双打败。两人被重重包围,以为必死无疑,临死前惺惺相惜的握手道别,谁知两人的鲜血碰到一起,突然能量大增,苗条俊看出玄机,立即让他们尝试召唤超兽,结果真的召唤出麒麟超兽及青龙超兽,原来他们的血可以互相调和,从而使他们召唤出超兽。面对两只超兽,龙莹却毫无惧色,毅然召唤出蝎子超兽,两派对峙。
第10集:往事如烟
麒麟超兽和青龙超兽一起联手迎战蝎子超兽,双方的决战激烈无比,在战斗过程中,龙莹再次怀疑龙戬的身份,于是询问他是否在十万年前救过一个小女孩。原来在十万年前,龙莹也是属于龙族世界的人,他的父亲就是白龙族族长龙飞,当时白龙族和青龙族为了争夺异能锁的拥有权而展开比武。龙飞和剑龙走上了比武台。最后的比武结果是龙飞胜出,但他却在擂台上死于非命,白龙族人及龙莹误以为是剑龙下毒陷害,从此两族人种下了祸根,龙莹也由厌倦战争的小女孩变成残酷嗜血蝎子女。龙莹与青龙的恩怨就是这样而来。
第11集:超兽神二合体
龙莹回忆往昔,心情澎湃不已,蝎子超兽越战越猛,火麟飞和龙戬渐渐不敌。危难之际,二人合体把蝎子超兽打败。龙莹在临死前终于看到了龙戬的真面目,他确定龙戬就是在十万年前救过自己的黑衣人,这究竟又是怎么一回事呢?龙戬不得而知,他只知道龙莹在化为烟云消散时,留下了一个异能锁,一个镶嵌着一只狰狞蝎子的异能锁。
第12集:第三平行宇宙
超兽战队又加入一名新成员,他就是龙戬,于是他们一起前往第三平行宇宙。他们在这里遇见了一名备受鲸鲨族人欺负的奴隶——泰雷,其实他也是这个宇宙的超兽战士,但却毫无斗志,甘愿成为奴隶。火麟飞他们出手对抗鲸鲨族人,想为金象族人及泰雷争取自由,不料却遭到泰雷的无情拒绝,如此一来,不但连累了泰雷使他背上了造反之名,连他们也被视为追杀对象。