消毒柜按照消毒原理可分为：臭氧消毒、紫外线消毒、红外线消毒和巴氏消毒法。
臭氧的氧化性很强，它可使细菌、真菌等菌体的蛋白质外壳氧化变性，可杀灭细菌繁殖体和病毒、真菌等等，同时，臭氧还可以杀灭肝炎病毒、感冒病毒等，这样消毒就比较全面了。但是，臭氧对人体的危害也是有的，主要是刺激和破坏呼吸道粘膜组织，对眼睛有轻度刺激性。此外，化学消毒法有泄漏和过氧化物的残留问题，一旦使用不当，容易破坏人体的免疫机能。
紫外线杀菌的原理是通过对细菌、病毒等微生物的照射，破坏其 DNA结构，从而杀灭病菌或使其丧失繁殖功能，是纯物理消毒，杀菌效果好，且对身体无害的。紫外线指的是电磁波谱中波长从 10nm～400nm 辐射的总称，不能引起人们的视觉。
红外线消毒和紫外线消毒他们的波长不同，区别也明显。红外线（Infrared）是波长介于微波与可见光之间的电磁波，波长在1mm到760纳米（nm）之间，比红光长的非可见光。红外线消毒通常是高温消毒，而紫外线消毒则属于低温消毒！并且两种消毒方式产生的波长也不同的，红外线一般是利用辐射作用，产生高温，从而杀菌！
巴氏杀菌是将消毒柜加热至68～70℃，并保持此温度30min以后急速冷却到4-5℃。因为一般细菌的致死点在温度68℃、时间30min以下，所以将混合原料经此法处理后，可杀灭其中的致病性细菌和绝大多数非致病性细菌；混合原料加热后突然冷却，急剧的热与冷变化也可以促使细菌的死亡。
无论是按用途分还是消毒原理分，消毒柜的种类都是比较多的，但消毒柜的选择一定要慎重，消毒原理要选择健康无害，能达到最佳消毒效果。例如海尔光波巴氏消毒柜，采用紫外线与巴氏消毒双重保障，扼制病毒繁殖的同时杀灭病毒，且两种消毒方式均为物理消毒，无臭氧、无辐射、消毒过程快速安全、消毒效果达99.99999%，是一款真正意义上的“健康”消毒柜。
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