由于3缸发动机比四缸发动机少了一个行程，所以在工作中容易出现抖动，发动机声音也会更大一些，虽然采用的平衡轴技术解决了振动强度过大的问题，但其还要比4缸、6缸等发动机的振动水平高。
另外，三缸发动机为了达成接近四缸发动机的动力输出连贯性，不得不匹配一个更大质量的飞轮，这样引擎的运转惯性就更大，转速变得迟钝，最直接的感觉就是油门响应不积极。
虽然三缸发动机已经在不同程度上得到了改进，但还没有达到克服上述弱点的地步，在销量上也不突出。即使是拥有更好的低转速扭矩、更少的机械摩擦、更小的体积和质量等优点，但天生抖动吵闹、动力输出不平顺、油门响应不积极等缺点，在很大程度上掩盖了优点，使得消费者在购车时还是首选四缸机车型。
三缸发动机，由于一个缸输出完动力，另一个缸跟不上，有动力输出的空缺，所以动力输出会有不平稳的感觉，这种劣势只能尽可能通过技术来弥补，很难完全消除。而四缸发动机因为有4个汽缸，1号在上止点位置时2号必须处于下止点，利用相反的作用力，就可以抵消掉往复运动所带来的振动。
对三缸发动机的噪音，现在基本采取加强驾驶室的密封性来隔绝噪音，在里面听不见，但在外面听就听见了。三缸发动机油门响应不积极，是因为为了达成接近四缸发动机的动力输出连贯性，三缸发动机就必须匹配一个更大质量的飞轮，这样引擎的运转惯性就会更大，因而转速变得迟钝，最直接的感觉就是油门响应不积极。由于目前三缸发动机多为中小排量涡轮增压发动机，中后段加速动力不够，动力输出不够线性等。
三缸发动机的诞生已有一段时间，但各种抖动、噪声等情况应接不暇，这使它在技术成熟的四缸发动机面前，竞争力显得底气不足。
