1、《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》
柯南等人刚刚解决了杀人案，但黑川宅邸却被纵火了。与此同时，柯南却接到了自称是犯人的预告电话！
被盯上的是孩子们游玩之地绿地公园。柯南虽然让孩子们安全了，但却被下一个爆炸预告通牒了。
2、《名侦探柯南：第14个目标》
和小五郎关系亲密的人都被当作目标盯上了，比如目暮警部和律师妃英理，还有阿笠博士。所以大家认为犯人应该是对小五郎有敌意的人。
柯南从现场的遗物看出有关扑克牌，从而找到了被袭击的3人的共同点。
3、《名侦探柯南：世纪末的魔术师》
轰动世间的大盗怪盗基德发出了偷取帝国复活节彩蛋的预告函。当基德偷出彩蛋逃走时，被人狙击的基德竟然失踪了。
柯南一行人乘坐豪华客船前往神奈川去破解彩蛋之谜，但船上却出现了杀人案！
4、《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》
以警察为目标的连续杀人案开始了，柯南虽然目睹了现场，却仍然让犯人逃走了。而且，在询问案件的时候，白鸟刑警还说出不需要知道这样的话。
在警察相关人员聚集的聚会上，不但佐藤刑警被袭击，因为小兰目击了犯人的脸也被盯上了。柯南能保护失忆的小兰吗？
5、《名侦探柯南：通往天国的倒计时》
西多摩市双人塔套房的市议会议员大木岩松被杀害了。柯南发现黑衣组织和灰原的可疑举动。
与此同时，柯南和少年侦探团参加了双人塔大楼的派对。但是会场上不但发生了杀人案，中层竟然也爆炸了。
6、《名侦探柯南：贝克街的亡灵》
在天才少年弘树自杀2年后，举行了虚拟体感游戏“茧”的发表会。但是，过程当中却发生了杀人案。
柯南为了破案进入了茧，系统却被智能支配，孩子们都被要挟。释放孩子们的条件是通关游戏，柯南接受了挑战。
7、《名侦探柯南：迷宫的十字路》
5名男子相继在东京、大阪和京被杀。这5人是盯上古美术品的盗窃团“源氏萤”的成员，剩下的是义经、弁庆、伊势三郎这三人。
柯南来到京都后，遇到了追踪源氏萤事件的服部平次，随后平次也被弓狙击了。那罪犯是源氏萤成员吗？
8、《名侦探柯南：银翼的魔术师》
舞台剧演员牧树里，接到了怪盗基德表明要窃取明星蓝宝石戒指的预告信。
公演当天，舞台的幕布徐徐拉开。虽然在如此戒备森严的状态下，基德仍然以新一的模样出现在了柯南面前。
9、《名侦探柯南：水平线上的阴谋》
在园子邀请了柯南、少年侦探团和小兰一起参加阿佛洛狄忒号的处女航。名人和政要都来乘坐这艘豪华的海上游轮了，但园子却被人绑架囚禁了。
柯南留意到15年前发生的货船沉没事故，和半月前的交通事故之间，有着千丝万缕的联系。
10、《名侦探柯南：侦探们的镇魂歌》
小五郎和柯南一行人受到神秘男子委托，而来到横滨。但却中了男人圈套，成为了对方的人质。
柯南只有12个小时的时间找出案件真相，不然小兰等人就会被炸飞。而且神秘男人竟然还知道柯南就是工藤新一！
11、《名侦探柯南：绀碧之棺》
被小五郎带到漂浮在太平洋上的“神海岛”度假的柯南一行人，遇到了以宝物为目标的宝物猎人团队。赶来的柯南洞悉了猎人死的可疑之处。
在柯南接近解开传说的过程中，猎人的魔手也逼近了兰和园子。柯南终于解开了一段长达300年的时间暗号！
12、《名侦探柯南：战栗的乐谱》
连续杀人事件以音乐家为袭击目标频繁出现，被害人都属于同一所音乐学院。柯南等一行人受邀出席了落成典礼音乐会。
在当天的正式演出时，柯南所在的音乐会会场突然陷入火海，发生了大爆炸。
13、《名侦探柯南：漆黑的追踪者》
在东京、神奈川、静冈、长野的6起被害者身边都有谜一般的麻将牌，所以被认定为是一场大范围连续杀人事件。
案件调查调查之际，柯南知道组织的影子正在接近自己时，发生了第7起杀人案。
14、《名侦探柯南：天空的遇难船》
神秘的武装集团声明，占领了飞行船的“红色暹罗猫”，不但设置好了炸弹还撒上了细菌！
虽说用氦飞行本身很安全，但是要是爆炸的话，乘务员不但会全部殒命。再加上空中飞散的病菌，将有1000万人的生命受到威胁！“红色暹罗猫”的目的究竟是什么？柯南在飞船中不断探险。
15、《名侦探柯南：沉默的15分钟》
朝仓都知事收到了一封谜般的恐吓信。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测到了五年前，还在调查过程中，偶遇了五名男女。
他们都是儿时玩伴，时隔八年才重新聚首。多年前的交通死亡事故产生了心理阴影，至今仍让嫉妒与怨念在的心中无法消散。
16、《名侦探柯南：第11个前锋》
预告爆炸的电话打到了毛利的侦探事务所。小五郎本来怀疑这是一场恶作剧，但车却爆炸了。柯南开始对听到的爆炸预告进行暗号解读。
在规定时间内如此迫在眉睫，柯南能平安找到炸弹吗？
17、《名侦探柯南：绝海的侦探》
在京都舞鹤湾发现的可疑船只上，有着一些残存的数据和零件，经过辨认是日本没有的物件。舰内竟然还有自卫队员的左臂，手腕的手表时间停在了上午5:30。
突然间训练就变成了疯狂的现实！面对这种极端事态，大家团结一致展开了调查，谁知案件才是恐怖阴谋的开端而已。
18、《名侦探柯南：异次元的狙击手》
故事发生在高度为635m的铃木塔上，在开幕仪式中，有人被外部狙击而死亡。
恰好在场的柯南通过子弹轨道推演出可狙击点，但又发现对于狙击的射程来说那是无法完成的任务。随后，海军特种部队海豹突击队在联合调查中浮出了水面。
19、《名侦探柯南：业火的向日葵》
纽约的拍卖会中，铃木次郎吉准备把从全世界收集到的7张《向日葵》展览给大家。结果现场出现了基德卡，载有《向日葵》的机体随后起火。
20、《名侦探柯南：纯黑的噩梦》
各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被间谍窃取。柯南一行人到刚刚翻新的水族馆去游玩，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。
她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“双色瞳”。可是，女子已是失忆状态，所带的手机也已损坏，柯南等人决定帮助她找回记忆。
21、《名侦探柯南：唐红的恋歌》
大阪的地标日卖电视台，突然爆炸了。然而这次爆炸就连犯罪声明都没发，这样的情况不多见，让柯南和平次倍感蹊跷。
在此番骚动中，一名叫红叶的女子声称是平次未婚妻。与此同时，在京都岚山的日式住宅内，冠军也被杀害了。在杀人现场的显示器，则出现了红叶的身影。
22、《名侦探柯南：零的执行人》
在峰会召开之际，即将出动2万2千名警察，如此超巨大阵仗，却事前突然发生了大规模爆炸案！
柯南不禁感到蹊跷，现场留下的指纹与毛利小五郎一致！这是怎样的阴谋？
23、《名侦探柯南：绀青之拳》
世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”，被当地的富豪回收之际，登台亮相了。与此同时，滨海湾金沙酒店的杀人案现场却下了怪盗基德的预告函。
柯南被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。
24、《名侦探柯南：绯色的弹丸》
日本迎来了世界最大的体育盛典，万众瞩目之际，赞助商云集的会场不但突发案件，还出现了绑架事件。
柯南推理得出，案件和15年前的连续绑架案的息息相关。而当时案件是由FBI管辖的，这些都是偶然吗？
