一名叫做Desmond Miles的酒吧服务生,某天被一家叫做Abstergo的国际制药集团绑架,对方的研究员告诉Miles,其实他是古代刺客宗师的直系后裔,需要分析他的DNA来提取祖先的记忆,因为他的祖先Altair知道伊甸园碎片的下落,通过这种方法,Abstergo可以找到这个神器的线索。
尽管Miles对自己被绑架一事非常愤怒,但还是被研究员们强迫推入了虚拟机Animus之中,返回了12世纪的中东。12世纪的圣殿骑士和刺客联盟的争斗一直延续着,Miles作为刺客宗师的后裔,找到了祖先Altair的记忆。