八旗最初源于满洲（女真）人的狩猎组织，是清代旗人的社会生活军事组织形式，也是清代的根本制度。
明万历二十九年（1601年），努尔哈赤整顿编制，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗，编成四旗。万历四十三年（1615年）增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗之制确立。满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力。
努尔哈赤于1615年将红白黑三旗及所领牛录析设为八个旗：原红旗分为正黄、镶黄二旗；原白旗分为正白、镶白、正蓝三旗；原黑旗分为正红、镶红、镶蓝三旗。正四旗旗帜为纯色四方形，龙首朝后；镶四旗旗帜为五边形，黄、白、蓝三旗镶红边，红旗镶白边，龙首朝前。当时各旗的旗主分别是：正黄旗主和镶黄旗主努尔哈赤、正红旗主和镶红旗主代善、正白旗主皇太极、镶白旗主杜度、正蓝旗主莽古尔泰、镶蓝旗主阿敏。八旗建立自此始，亦即为满洲八旗的源起。
八旗中的最高领导人是旗主。早年每旗都有各自的旗主，后来随着皇权的扩大，正黄旗、镶黄旗、正白旗都划归皇帝亲自统领，因此，八旗形成了上三旗和下五旗的格局。上三旗是皇帝的亲兵，下五旗则由各自的旗主掌管。
清朝初期，旗主的权力很大，国家的小事皇帝可以直接做主，但遇到大事就必须要和几位旗主一同商议。后来经过几代皇帝的努力，旗主的权力基本都被削光，所以到了清朝中后期，就没有什么旗主的说法了。
八旗旗主的下一级是参领(正三品)。八旗满洲和八旗汉军每旗之下均有五个参领，八旗蒙古每旗之下只有两个参领。
参领的下一级是佐领(正四品)。佐领在满语中称为牛录章京，也就是牛录领导人的意思。牛录是八旗的最基本建制，最初一个牛录为300人，到了嘉庆年间改为了150人。佐领在战时为领兵官，平时为行政官，掌管所属牛录的户口、田宅、兵籍、诉讼诸事。
大体上，每一旗的结构就如上面所述，由上至下依次为：旗主、参领、佐领和旗下兵丁。
许多人下意识的会认为，在八旗之中，肯定是上三旗中的正黄旗地位最高。不过，实际上八旗中排名第一的却是镶黄旗。因为早在清朝入关之前，清太祖努尔哈赤就是镶黄旗的旗主，所以镶黄旗也被称为头旗，并在此后一直保持了八旗之首的地位。
八旗虽然有上三旗和下五旗之分，但对于普通旗人来说，待遇相差不大。最主要的区别在于皇帝挑选宫廷侍卫以上三旗子弟为主，兼收下五旗子弟。
不过，上三旗和下五旗的包衣，差别却非常大。包衣也称包衣奴才，是专门为皇室和宗室王公提供服务的人，相当于家庭佣人的角色，地位比普通旗人要低很多。
上三旗包衣为皇室提供服务，因此就有着“近水楼台先得月”的优势。在整个清朝，有不少上三旗包衣出身后来成为封疆大吏的例子。而下五旗包衣隶属于王公，他们的职业生涯有一层不可逾越的“天花板”，所以地位很难有大的变化。
