户口不在一起，想证明是亲生父子关系，方法有：
最有效、最直接的办法是：子女和父、母一起做亲子鉴定，合法鉴定机构的鉴定结论是最权威的证明。
还可以子女的出生证明来证明：出生证明上一般都填写有父母、子女的姓名、年龄、性别等，而且是医院在子女出生的当时发给，证明力也较强。
如果不是在医院出生、没有出生证明，可以找当时接生的产婆、子女和父母居住地的村委会或居委会、知情邻居给作证，不过，证人最好是无利害关系人、最好有2人以上。
如果父子双方不在同一个户口本中，需要办理父子证明时，一般可以按照以下流程进行：
申请人填写申请表：申请人需要填写父子证明的申请表，并提供相关的证明材料，如出生证明、身份证等。
提交材料：申请人需要携带相关证明材料，到当地的公安局户籍管理所或者社区派出所办理。
审核材料：户籍管理所或者社区派出所的工作人员会核实申请人提供的证明材料，核实父子关系的真实性。
确认关系：审核通过后，户籍管理所或者社区派出所会确认父子关系，并开具父子证明。
需要注意的是，父子证明是需要提供比较全面的证明材料的，包括申请人本人的身份证、出生证明等，同时也需要提供父亲的身份证等证明材料，证明父子关系的真实性。如果具体流程和要求有变动，建议您咨询当地的户籍管理部门或社区派出所，以确保申请顺利。
