梵净山的山名有文字记载的有七八个，最早的始于汉朝，在各个历史时期称谓有所不同。《汉书•地理志》称：“三山谷，辰水所出”，因山体主要部分包括凤凰山、梵净山、牛头山三个主峰而得名。北魏郦道元《水经注》称：“三峿山，铜仁大小两江水并源于此”（峿指“不相融合貌”，“或且峿而不安”）。唐李吉甫《元和郡县志》称：“辰山，在麻阳县西八百三十里”，贵州东部部分地域一度属辰州管辖，因沅江支流辰水发源于此而得名。明曹学佺撰《贵州名胜志》称：“九龙山，支脉名也，高百余丈，下分九支，铜仁大小两江出焉”。
清《铜仁府志•山川志》称：“月镜山，在府城西南，省提两溪源头”，为何称“月镜山”无考证。清《贵州通志•山川志》称：“江头山，省溪水源出江头山，下合大江”，意指山在江的源头处。民国《江口县志略•兵事》称：“光绪三年，贵东道易佩绅，以各军剿梵净山贼（刘满义军），日久无功，亲履查看，因改梵净山为卓山”。并在县城大佛寺内办“卓山书院”，以此向上敷衍塞责。饭甑山，因“饭甑”与“梵净”谐音，而金顶又恰似蒸饭的“甑子”，故老百姓习惯称之。
红云顶，因梵净山的新老金顶晴天的下午在阳光照射下呈红色而得名。梵净山名称起于何时无考，但从明万历年以后，也许是由于佛教的盛行，其它名称逐渐湮没无闻，只以梵净山名世。从1984年联合国巴黎会议批准梵净山自然保护区加入“人与生物圈保护网”以后，梵净山的名字已载入世界史册，传遍整个世界。
