1、及时放入冰箱冷藏室。应该把雪莲菌放在低温冷藏室以长久存放，千万不要放在冷冻室，在冷冻室里，它们几乎不生长，也不发酵。冷藏时有可能因为比较冷，会有点变小，这是没关系的，放心冷藏就行。重新饮用时，先将雪莲菌冲洗干净，放入少量纯奶，只要能盖住它们就行。第一天发酵的先不要喝。第二天再喝。
2、倒入纯奶保存。如果没有冰箱，可以找个空玻璃瓶倒入高于雪莲菌两倍的纯奶，再加入高于它一倍的水，最后盖上有透气孔的盖子即可。这样保存20天上下不成问题，注意要放在阴凉干燥处，不能太阳直射和暴晒。不过菌菌会发出难闻的异味儿。重新饮用时，要将雪莲菌先清洗干净，再放少量奶，第一天不喝。如果菌身上的异味儿很重，那就每天重复第一天的方法，一直到菌菌身上没有异味儿了再饮用。一般情况下，第三或第四天就可以饮用了。
冰箱冻藏层，一定要干燥，湿气不要太大。还要注意温度，一般设定都是18度。这个是可以的。但是冰箱一般在夏天湿气比较大，最好是擦干净、放上防湿的干燥剂、或者防湿纸板。放里面的东西一定要干净、不容易挥发。肉呀、菜的就不要放在一起了。雪莲菌抗污染能力太低了。
最好是使用小冰箱，或单独空出来一个格子保存雪莲菌。保存雪莲菌时，最是找专人看护。夏天这个季节雪莲菌生长较快，坚持每天用鲜奶冲洗。如果你冷藏的话，雪莲菌可能会变的小一些，这个是正常现象哦。
