数码宝贝3主要有三个主角，分别为松田启人、李建良、牧野留姬。
松田启人是数码宝贝3男1号，性格比较多愁善感且细腻，不过也在狮子兽被杀的时候因为愤怒失去控制。
李建良是数码宝贝3的男2，是一个拥有责任心，做事沉着冷静的男孩。
牧野留姬是数码宝贝3的女1，前期有着冷酷的行事风格，后期与搭档和朋友解除后逐渐变得随和了很多。
虽然第三部出现的人在数码宝贝系列中是较多的，但真正意义上的主角只有三位： 1.松田启人 除了一个标志着主角的护目镜，启人与前两部的主角完全不同，他非常善良，不爱运动，学习应该也可以（因为他唯一一次被罚站是因为迟到）。他的爱好是玩卡片。总而言之，启人应该是数码宝贝系列中最成功的主角。 2.牧野留姬 她的性格大致分为两个阶段：一开始非常冷酷，但有着高超的智慧与技术，对谁都不留情面（从她很讨厌古乐兽那一集就可以看出来）。但后来被另两位主角感化，变得善良而富有爱心（从她最后只身去救古乐兽以及为小妖兽系丝巾可以看出来）这个形象塑造的也是非常成功的，数码宝贝系列中唯一一个有着这种性格的女主角。 3.李建良 不可或缺的中国元素（正是因为有了他，数码宝贝当时在中国的销量大大提升），既有着启人的善良又有留姬的智慧和爱心，为人也很淡定，也是6部中唯一一个中国人主角。 正是因为有了以上的三个“唯一”数码宝贝三成为了数码宝贝系列中最成功的一部（个人见解）。它并没有其他几部的两个男主角性格的迥然不同（如太一与阿和，拓也与辉二）而是三位主角和睦相处，感情至深，结尾也非常感人。 总之，正是这三位主角形象的成功塑造，才造就了第三部的成功。
