1、生物清理
鱼缸鱼屎太多，可采取生物清理。可在缸内养殖黑壳虾、清道夫或螺类，这些生物能将缸内的鱼屎清理干净。但需注意的是，黑壳虾往往会成为一些鱼类的食物，在混养时需规避风险。并且螺类建议选择汽水螺，避免在缸内大量繁殖。
2、换水清理
日常在给鱼缸换水的同时，也可清理掉缸底的粪便。由于在换水时，需先抽出水分，抽水可直接从鱼缸底部开始，只要没有铺设底砂，就可将缸底的鱼屎都抽干净，能起到较好的清洁效果，之后可沿着鱼缸壁缓慢的倒入清水。
3、过滤清理
还可采用过滤的方法来清理缸底的鱼屎，可在缸内假装过滤系统，水流能将鱼屎带入过滤盒中，就能清理掉鱼屎，之后鱼屎会被分解，产生的氨氮会被硝化菌所转化，从而保证了水体的干净卫生
首先，清污先从水体表面开始，水面如有油膜或其他杂物，应该先除去油膜和捞取杂物。不可乱了顺序。
其次，如果需要清洗缸壁上的污物，应先清洗鱼缸竖壁，可以用磁刮器将鱼缸玻璃上的苔藓和圬垢方便地刮干净。一手将带刀片的一块放入水内贴住缸壁，另一手将带刷的一片在缸外，使两片相互吸牢，然后将外面一片在有绿苔和圬垢的地方来回移动，里面一片就跟着移动，通过移动的刀片将缸壁上的苔藓和污垢清理干净，速度快省力，清理沏底。待污物沉积后再进行下一步清洗工作。
最后，水底的污物应想办法使其聚集（可用鱼网轻轻旋转鱼缸中的水，使污物聚集到中央，然后集中抽取）。有些鱼缸因自身水循环就有一定的水流，使污物聚集在某一处，可直接抽取。抽取污物的同时，顺便抽取一些底层发浑的老水，然后加注同等的新水，蓄水时水流不可太猛，以免使鱼受到刺激患病。
注入新水前一定要给鱼缸消毒；可以用高锰酸钾液，遇有机物即放出新生态氧，有杀灭细菌作用。注意的是，在配置溶液时要考虑时间，高锰酸钾放出氧的速度慢，浸泡时间一定要达到5分钟才能杀死细菌。配制溶液要用凉开水，用热水会失效。消毒后用水稍加清洗即可使用。
