1、科属不同：青木瓜是十字花目番木瓜科草本果树；木瓜属于蔷薇科，原产于中国的一种温带木本植物。
2、成熟颜色不同：青木瓜成熟后黄皮红心；木瓜成熟后是暗黄色。
3、形态特征不同：青木瓜高达8米，有乳汁；木瓜高达5－10米，树皮成片状脱落。
4、营养不同：青木瓜含有木瓜酶；木瓜含有木瓜酶素、木瓜蛋白酶、胡萝卜素以及多种氨基酸。
青木瓜外表为青色，只是快要成熟的时候才会落地，表面才会有轻微的黄色。而水果木瓜的种类比较多，红心木瓜就是其中一个优良的品种，未成熟的红心木瓜是青色的，但是成熟以后颜色就会变橙黄色。
2、青木瓜成熟以后，里面的果肉是微黄色。而红心木瓜成熟以后，其里面的果肉是橙红色，果肉不仅厚实而且很紧致。
3、新鲜采摘的青木瓜吃起来会有些苦涩的味道，虽然果浆的味道比较浓，但是口感上和水果差很远。而红心木瓜吃起来口感甘甜多汁，柔软而且非常香甜。
4、青木瓜一般会被蔬菜来用，只有熟透了之后才被人们当做水果来吃。而红心木瓜是木瓜的一个优质品中，是人们经常吃到的水果。
5、青木瓜保存的时间比较长，所以不容易腐烂。而红心木瓜的水果不宜保存，尤其是成熟以后，如果保存不当，会加速腐烂变质，保存的时间会很短。
