1、申请人携带出院记录、化验单、疾病相关的检查报告等既往病史资料到门诊医生处就诊，医生会填写基本医疗保险特殊病种证明及门诊的治疗审批表给符合条件的患者。
2、二级以上定点医疗机构经治医师填写特殊病种审批表。
3、医院的手续办完之后，带上病史资料，医保卡身份证以及2张1寸照片到户籍所在地的社保所领取申请表并填写，审批表需要到当地社保局进行审批并且盖章。
新农合只有22种大病、10种慢性疾病，不设立特种疾病。特殊病种是指特殊门诊报销，跟大病救助不冲突；大病救助有条件限制，有专门的临床路径或治疗模式，在专门的定点医疗机构住院，一年只能救助一次，报销不计起付线，不计自费项目，不受封顶线限制。所以办理新农合大病或者慢性病是可以的。
办理时参保居民应向区县医疗保险经办机构或其指定的机构（以下简称受理机构）申报并提供以下资料：
（一）《城乡居民合作医疗保险特殊疾病申请表》；
（二）本人的居民身份证原件、复印件或社会保障卡原件、复印件和本人近期2张1寸免冠照片；
最后按要求填写后携带《北京市医疗保险手册》，到参保区、县医疗保险经办机构办理“特殊病种”审批。经批准后，个人留存一份“审批单”，另一份交到个人选定的“特殊病种”定点医疗机构医疗保险办公室。
