防城港市位于广西南部,下辖东兴市、防城区、港口区、上思县、防城港经济技术开发区。其中,东兴市是防城港市唯一的县级市,地处广西与越南交界处,是较为重要的陆路口岸和港口。防城区和港口区是防城港市的两个城区,港口区是市中心和经济中心,防城区则位于市区西边。上思县在市区西南方向,以农业为主,也有较为优美的自然风景。防城港经济技术开发区是防城港市的重点发展区域,重点发展工业和海洋产业。
防城港市辖区包括城区、港口区、防城区、上思县和东兴市。其中城区包括港口、港口工业园和北部湾商业区;港口区是防城港市最重要的港口,包括南珠、防城、东港和北寨四个码头;防城区是该市政治、文化、商业中心,包括深华、龙门、龙河等街道;上思县位于防城港市北部,是一个靠山临海的县,北依九座山,南靠北部湾,素有“名山秀水之乡”的美称;东兴市位于该市东北部,是广西沿海开放重要门户城市,较大的对外开放窗口和城市中心。