第一集“Scylla”：迈克尔和林肯决心再次合作，拯救麦迪逊的儿子。他们和其他几个人一起盗取了一份名为“Scylla”的文件，该文件是一份公司机密，可以揭示公司的黑暗内幕。
第二集“Breaking and Entering”：迈克尔和林肯继续寻找“Scylla”，同时他们发现自己被监视，并且FBI正在调查他们的行动。萨拉在警察局工作，她试图帮助他们逃脱FBI的追捕。
第三集“Shut Down”：迈克尔和林肯被迫暂时放下对“Scylla”的追求，因为他们的计划被泄露了。T-Bag试图接近一个新的目标，但他很快发现自己陷入了麻烦之中。
第四集“Eagles and Angels”：迈克尔和林肯继续进行他们的计划，抢夺“Scylla”的各个部分。但是，他们不得不和其他人合作，其中包括一些旧敌人。
第五集“Safe and Sound”：FBI继续追踪迈克尔和林肯的行踪，他们被迫逃离他们的藏身之处。同时，T-Bag和瑞安也卷入到了这场争斗中。
第六集“Blow Out”：迈克尔和林肯终于得到了“Scylla”的所有部分，但是他们意识到这份文件可能更加危险和重要，因为它涉及到了政府和军方的机密。
第七集“Five the Hard Way”：迈克尔和林肯意识到他们还需要一个人的帮助，才能真正揭示“Scylla”的真相。同时，FBI也在不断加强对他们的追踪和搜捕。
第八集“The Price”：迈克尔和林肯最终揭示了“Scylla”的真相，并且成功逃脱了FBI的追捕。但是他们的胜利也付出了沉重的代价。
第九集“Behind the Eyes”：迈克尔和林肯最终得到了自己想要的东西，但是他们也发现自己的生命受到了威胁。此外，他们还发现背后操纵一切的人竟然是他们从未料到的人。
总之，《越狱》第六季延续了前五季的风格，紧张刺激的剧情和角色形象深入人心。在这一季中，迈克尔和林肯继续进行他们的任务，而这次他们所追求的目标更加重要和危险，考验着他们的智慧和勇气。
