原核微生物的特有物质运输方式主要是通过简单扩散和轴突传输。简单扩散是指物质直接通过细胞膜的孔隙、通道或液晶区域扩散到周围环境中。
轴突传输是指细菌通过细胞表面的纤毛或鞭毛运动，将物质沿着细胞表面移动到目标位置。这些物质运输方式在原核微生物中非常常见，不仅可以满足其基本营养需要，还可以帮助其进行化学信号传递和细胞间交流。
这些特有的物质运输方式使得原核微生物适应了复杂的环境，并在生态系统中发挥着重要的作用。
基团转位
前三种吸收方式，营养物质都不发生化学变化。此方法却是使糖类发生磷酸化作用，并以磷酸糖形式存在于细胞质中，可立即进入细胞的合成分解。磷酸糖的磷酸来自磷酸烯醇式丙酮酸PEP。此运输方式由4种蛋白构成：EI, EII,EIII,HPr。EI，EIII与HPr存在于细胞质中，（EIII只有在少数细菌中发现，）EII存在于细胞膜中。EII，EIII对糖具有特异性，EI与HPr为非专一性成分，起能量传递作用。在糖的运输中，PEP的磷酸以高能共价键结合到EI的组氨酸上，EI携带的磷酸又转移到HPr上，从HPr上又转移到EIII上（无EIII则略过），磷酸在EII的作用下转移到糖上，完成糖类的磷酸化进入细胞质中。此方式需消耗能量，需载体蛋白参与。细胞膜对大多数磷酸化化合物都有高度不渗透性，磷酸糖一旦形成就不会渗透出细胞。多存在于厌氧及兼性厌氧微生物中。运输糖及糖的衍生物，核苷，脂肪酸。
