如果入孵的种蛋是祖代或父母代时，应对雏鸡分别做好记号，防止混群。父母代种蛋入孵时只分父本和母本两种。出雏时可将数量较少的父本公雏断冠以和母本母雏相区别。成年后性别鉴定错误的鸡也可根据记号剔除，不做种用。
祖代种蛋入孵时，A、B、C和D系都要有所区别，可同时应用断冠和断趾两种方法加以区别。例如，可将A系公雏断冠和左脚第2趾，B系母雏断右脚第4趾，C系公雏只断冠，D系母雏不做记号。
种蛋由种鸡舍或蛋库送入孵室入孵前，应进行预热，以防蛋壳表面凝结水汽而影响孵化率。凝结水汽会将悬浮于空气中的细菌等微生物粘附其上，增加蛋壳上的污染程度。种蛋需码放在孵化盘中送入孵化机中孵化，种蛋在盘中应大头向上放置。同一台孵化机中同时孵有多批种蛋时，每次码蛋时应在蛋盘上做好明显标记，以防错乱。种蛋装入孵化机后，还需应用1-2倍浓度的福尔马林第3次熏蒸消毒30分钟。
种蛋孵化到18-19天时，将孵化机中的种蛋装入出雏盒中，送入出雏机中孵化的工作称落盘。在冬天落盘时应尽量缩短时间，防止晾蛋时间过长。
一、影响合格种蛋产蛋率的因素
1、品种与日龄
品种与日龄对种蛋合格率的影响反映在蛋重大小及蛋壳质量的好坏。蛋重随着鸡群日龄的增大而增大，而只有符合55-68克的种蛋才最为适宜留做种用。因此，需通过饲料营养提高蛋种鸡180日龄以前的蛋重，控制55周龄以后蛋重，以提高种蛋的合格率；蛋壳质量随日龄的增大而发生变化，一般产蛋鸡群36周龄后蛋壳质量逐渐变差。但蛋壳的形成十分复杂, 诸多因素如母鸡的品种、年龄、母性行为、营养、疾病、药物、环境条件、管理、设备等均会对蛋壳品质造成影响，虽然我国对蛋壳质量的研究已持续十几年, 但劣质蛋壳仍然是造成蛋鸡业经济损失的一个重要原因。
2、疾病因素
对鸡群合格种蛋产蛋率影响较大的疾病主要为传染性支气管炎（ib）和产蛋期的坏死性肠炎，两者在发病的不同时期都会造成产蛋率的大幅下降。
鸡群感染传染性支气管炎病毒（ib）后，不会导致明显死亡增加，其通常是一过性感染，病程较短，痊愈后鸡群快速恢复精神状态，但ib病毒已对鸡只输卵管造成损伤。尤其在育成期间感染的鸡群，在产蛋期形成为不产蛋的“水裆鸡”（俗称大肚子鸡），造成养殖企业生产成本显著增加。在产蛋期感染本病后也可造成鸡只终生生产软壳蛋、无壳蛋，丧失饲养价值；鸡群感染坏死性肠炎后，将导致鸡只消化系统不可逆的损伤，影响营养物质的吸收，进而导致生殖系统萎缩、失去产蛋能力，直至死亡。
3、应激因素
饲养管理过程中，鸡群因采食过多或过少、免疫应激、人工输精应激、舍内环境控制等管理不当造成个别鸡只体质下降而处于亚健康状态。而饲养亚健康鸡只，不但增加鸡群饲养的直接成本，亦会降低合格种蛋产蛋率。因此，日常管理过程中，对于亚健康鸡只要及时挑选后单笼饲养，待其恢复一段时间正常产蛋后再进行人工输精。
4、种蛋收集与运输因素
种蛋的收集与运输环节处理不当，亦会导致大量合格种蛋的人为破损，间接降低种蛋合格率。
二、提高合格种蛋产蛋率的措施
1、 营养调控确保蛋重适宜
一般蛋种鸡进行人工输精和种蛋收集的周龄为25-63周龄。在25周龄前，蛋重普遍较小，而低于55克种蛋不宜留作种用，因此，在高峰期要饲喂高能量、高蛋白日粮，以提高前期蛋重。经统计，55-63周龄的平均蛋重为62.5克，其中72克以上约占2%，68-72克约为11.4%，57-68克约为77.5%，57克以下约为8.99%，因此需根据蛋重的变化，调整鸡群的日耗料，做到定量饲喂，防止鸡采食过多而造成蛋重过大。
2、预防疾病提高鸡群健康
做好疾病防控工作，通过建立完善的生物安全体系，将病原挡在场区之外，避免鸡群感染疾病。尤其在育雏育成期，鸡群对ib病毒的抵抗力较弱，更需要通过环境控制与免疫杜绝疾病的发生。一般而言，鸡群产蛋后期是坏死性肠炎的高发期，此期间鸡群由于前期产蛋的大量消耗，致使体质减弱，个别鸡只相继感染疾病，变为亚健康状态甚至死亡。因此，需日常做好舍内外环境的隔离与消毒，饲养全程做好鸡群疾病防控工作。
