李世民苦心经营，陵墓雄伟壮观的昭陵在他死后不仅被盗，而且至少有三次大规模盗墓，不仅陪葬宝物被洗劫一空，就连李世民的遗体也被破坏。
第一次，是唐末黄巢起义，攻入长安的时候。黄巢本是流寇，一路破关夺城，劫掠富豪之家。不过，黄巢没有稳固根据地，没法保证40万军队的给养，盗墓便成为他获取财富的手段之一。根据史料记载，黄巢在长安到处盗掘汉唐帝陵，还指挥全军挖掘武则天的乾陵，挖出一条深40米的“黄巢沟”，也没得手。虽然黄巢没挖开乾陵，但唐代各帝陵大多遭到其破坏，尽管没有黄巢盗开昭陵的记载，但昭陵这么宏大的陵寝，地面建筑被黄巢破坏，这是肯定的。
第二次就惨了，在公元908年（后梁开平二年）10月，唐朝刚灭亡1年多，昭陵被盘踞在雍州的军阀温韬给盗掘了。《旧五代史》记载：“韬在镇七年，唐诸陵在其境内者，悉发掘之，取其所藏金宝，而昭陵最固，韬从埏道下，见宫室制度闳丽，不异人间，中为正寝，东西厢列石床，床上石函中为铁匣，悉藏前世图书，钟、王笔迹，纸墨如新，韬悉取之，遂传人间，惟乾陵风雨不可发。”温韬盗掘了他统治地盘里的所有唐陵，除乾陵幸免，全被洗劫一空。他还亲自下到昭陵地宫，把昭陵里的珍宝，包括前朝钟繇、王羲之等人的书法作品，全部盗出。据说，当时温韬从昭陵中盗出的宝物用车拉马驮，动用几千士兵，花了1个月的时间才全部运完。
温韬的外甥郑玄素说过，他当时随同舅舅温韬一起进入昭陵，看到躺在棺材里的李世民尸体完全腐烂，头发散乱，头用玉架护卫着，十分惊讶。宋代的《江南余载》记载 “进士舒雅，尝从郑元素学。元素为雅言：温韬乱时，元素随之，多发关中陵墓。尝入昭陵，见太宗散发以玉架卫之，两厢皆置石榻，有金匣五，藏锺、王墨迹，〈兰亭〉亦在其中，嗣是散落人间，不知归于何所。”
昭陵不仅随葬宝物被盗，李世民的尸体也被破坏，一代英主，费尽心思为自己营建牢固的陵墓，结果还是没能挡住盗墓贼，如此下场，令人唏嘘。
昭陵的第三次被盗，发生在20世纪20年代。昭陵北侧的祭殿庑廊，列有六块骏马的石刻，被称为“昭陵六骏”。据史料记载：“昭陵六骏”石刻的原型是唐太宗李世民生前最喜爱的6匹战马，是他辅助其父唐高祖李渊平定四海、建国立邦时所乘的坐骑，它们分别名为：飒露紫、拳毛騧、白蹄乌、特勒骠、青骓、什伐赤。公元636年（贞观十年）昭陵初建成时，李世民诏令大画家阎立本先画出六骏图形，后由雕刻家阎立德依画雕刻而成。李世民亲自作诗6首（即“六马赞”），赞扬每匹马的风采，并命大书法家欧阳询抄录下来刻在“六骏”旁边。
“昭陵六骏”在唐末黄巢、温韬盗墓时受到过破坏，但大体保存完整。直到民国初年，遭受灭顶之灾。
