明朝的三个都城分别是北都北京、南都应天和中都凤阳。明太祖朱元璋占领了应天之后，向西讨伐陈友谅，向东击败了张士诚，彻底站稳了脚跟。
应天可谓是朱元璋的崛起之地，但是朱元璋打下江山后，想要定都他的故乡，安徽凤阳。 洪武2年，徐达和常遇春带领明军北伐，把元朝的剩余势力彻底赶到了漠北，至此，明朝的江山统一了。于是，定都的事情开始被排上日程。
但是因为建文帝的削藩政策，燕王朱棣等人想要反抗，朱棣发动了靖难之役，最后成功称帝，史称明成祖。
明朝是宋朝之后唯一的实现全国统一的汉族封建王朝，于1356年攻占集庆路后，将其定为都城并更名为“应天府”。1368年正月，41岁的朱元璋在应天举行登基大典，正式登上帝位，国号大明，年号洪武，定都应天，改称 “南京”，另外朱元璋为了唤醒中原人民的抗元意识，在1368年3月攻占开封后，以开封为“北京”，是为明王朝两京制之端倪。只是那时的开封经历战争的严重破坏，早已没有北宋时的繁华和影响力，更名“北京”已经没有意义，于是朱元璋于1378年又撤销了开封“北京”的称号。 朱棣（永乐帝）即帝位后，改北平为北京，并在北京设行在六部。永乐四年(1406)，诏建北京宫殿。永乐七年后，因组织对蒙古军的进攻，明成祖长期住在北京，而以太子在南京监国。永乐十三年又下令营建北京宫殿。永乐十八年北京宫殿正式建成。九月宣布册诏明年改京师为南京，北京为京师，领八府一百三十三个州县，永乐十九年 (1421)二月，正式迁都北京，南京作为留都，辖有十四府一百一十个州县。两京所属府、州、县，皆直隶两京六部，号称南北二直隶。至此，明朝两京制格局形成。 1425年，永乐帝的继承者洪熙帝决定把首都迁回南京，不过 1425年后期他去世时，回都南京的活动停止，不久其继承者宣德帝再次确定北京为京师。
