辅基-- 酶的辅因子或结合蛋白质的非蛋白部分（其中较小的非蛋白质部分称辅基），与酶或蛋白质结合的非常紧密，用透析法不能除去。按照化学组成，酶可以分为简单蛋白质和结合蛋白质两大类。胃蛋白酶、核糖核酸酶等一般水解酶属于简单蛋白质，这些酶只由氨基酸组成。
辅酶--由于辅酶在酶催化反应中其化学组分发生了变化，因此可以认为辅酶是一种特殊的底物或者称为“第二底物”。这种所谓的第二底物可以被许多酶所利用。例如，目前已知有约七百种酶可以利用辅酶NADH进行催化。 在细胞内，反应后的辅酶可以被再生，以维持其胞内浓度在一个稳定的水平上。
1、与酶蛋白结合紧密程度不同
辅酶和辅基的主要区别在于与酶蛋白结合的紧密程度不同，非蛋白质部分与酶蛋白结合松散称为辅酶，非蛋白质部分与酶蛋白结合牢固的称为辅基。
2、分离方法不同
经透析或超滤方法可使辅酶与酶蛋白分离；而辅基与酶蛋白结合紧密，不能通过透析或超滤方法除去。
3、游离性不同
辅酶可以以不与酶结合的形式存在，并可结合成为多种酶的辅酶，它的游离特性在功能上保证了辅酶的运载能力。在酶促反应中，辅酶作为底物接受质子或基团后离开酶蛋白，参与另一酶促反应并将其所携带的质子或基团转移出去，或者相反。
在酶促反应中，辅基不能离开酶蛋白。酶失去了辅基就无法实现功能，失去了活性；而离开了酶辅基也无法单独存在。
