甲鱼种的优劣直接决定着成品甲鱼的品质。现在养殖场选用的甲鱼种，主要有中华鳖和泰国鳖两种。
由于中华鳖幼鳖种价高，生长相对较慢，而进口泰国幼鳖种价低，生长速度快。中华鳖品质优良，食用口感好，营养价值高。身体扁平，眼小颈长，眼睛较小，盖呈椭圆形，裙边较宽，尾呈扁锥形，背面灰绿、灰黄或褐色，不太光滑。腹面一般呈白色、也有白中泛黄或略带微红的底板。中华鳖性情凶猛，攻击性强，能咬人。
而泰国鳖口感差，从形体上看背面呈黑色，颜色灰暗，比较光滑，腹甲乳白或微红，偶见蓝黑色的斑点，行动迟缓，性情温顺，不咬人，鳖壳按下去比中华鳖软。
中华鳖和泰鳖相比较而言，内地中华鳖苗腹甲表面没有黑点，而中国台湾及泰国等地鳖苗腹甲表面呈蓝黑色的斑点；内地中华鳖苗
“裙边”稍宽，而中国台湾及泰国等地鳖苗“裙边”稍窄。
中华鳖，又名水鱼、甲鱼、团鱼，龟鳖目鳖科动物，是常见的养殖龟种。体躯扁平，呈椭圆形，背腹具甲；通体被柔软的革质皮肤，无角质盾片。体色基本一致，无鲜明的淡色斑点。头部粗大，前端略呈三角形。吻端延长呈管状，具长的肉质吻突，约与眼径相等。眼小，位于鼻孔的后方两侧。口无齿，脖颈细长，呈圆筒状，伸缩自如，视觉敏锐。颈基两侧及背甲前缘均无明显的瘰粒或大疣。
背甲暗绿色或黄褐色，周边为肥厚的结缔组织，俗称“裙边”。腹甲灰白色或黄白色，平坦光滑。尾部较短。四肢扁平，后肢比前肢发达。前后肢各有5趾，趾间有蹼。内侧3趾有锋利的爪。四肢均可缩入甲壳内
