哈利·波特，一个表面上看似普通的男孩，与讨厌他的麻瓜亲戚德思礼一家人一直住在英国萨里。
在他的11岁生日当天，哈利从一个神秘的陌生人鲁伯·海格身上得知自己是著名的从伏地魔的攻击下唯一存活下来的男婴。
伏地魔将他的父母杀害，但他对哈利的攻击反弹，使哈利的前额留下一个闪电形的疤痕，而伏地魔的能力尽失。
海格告知哈利是巫师的身份后，又透露获霍格沃茨魔法学校录取已久。
海格带哈利到隐藏于伦敦街头的对角巷购买巫术学院的学习用品后，便到国王十字车站隐藏的9¾月台乘搭火车到霍格沃茨。
在火车上，哈利认识了纯种巫师家族血统的罗恩·韦斯莱及源自麻瓜父母的赫敏·格兰杰。
所有一年级新生到达霍格沃茨后，都会由“分院帽”个别分派到四个学院：格兰芬多、赫奇帕奇、拉文克劳以及斯莱特林。 由于斯莱特林以出黑魔法巫师而闻名（如伏地魔），所以哈利说服分院帽不要将他分类到斯莱特林学院。
最终他被派到格兰芬多，与罗恩、赫敏、罗恩的双胞胎哥哥—弗雷德和乔治、珀西、查理（在罗马尼亚研究龙），及比尔（在古灵阁银行工作）在同一个学院。
在霍格沃茨，哈利等人开始学习使用魔法，并发现更多关于哈利与他父母的过去。
因与身俱来的飞骑天赋，让哈利被招募到魁地奇代表队（魔法世界里的体育活动），成为队中的搜捕手（哈利的父亲也曾是搜捕手）。
一晚，他与罗恩和赫敏在学生禁止进入的楼层发现了三头巨犬，而三头巨犬正守护的魔法石，是能够让它的主人长生不死的宝物。
哈利等人得出的结论是：拥有人是西弗勒斯·斯内普教授，他们不友善的魔药学教授…… 三人从海格那里听到那只三头巨犬只要听音乐便会睡觉，决定要早于斯内普找到魔法石。
他们要面对一系列困难的任务，包括让人致命的植物“魔鬼网”、带着钥匙的飞虫群、暴力危险的真人棋赛..... 完成艰钜任务后，哈利发现想得到魔法石的人并非斯内普教授，而是黑魔法防御术的奇洛教授，原来斯内普教授一直都在暗中保护哈利。
奇洛教授除下他的头巾，向他展示原来伏地魔一直都依附在其后脑勺上，口延残喘的活着。
伏地魔试图说服哈利把魔法石交给他，答应让他的父母死而复生，但哈利拒绝了他（哈利突然发现校长邓布利多教授把魔法石转移到他的口袋里）。
奇洛教授试图杀哈利，但当他触碰到哈利时，他的手化成尘土。
奇洛教授试图把魔法石从哈利的口袋里抢走，但哈利双手抓着他的脸，导致奇洛教授整个迅间变成尘土消失。
哈利爬起来时，伏地魔的烟雾形式穿过哈利的身体逃走，哈利被击昏了过去…… 哈利在学院里的医院醒来，邓布利多校长在他的身边，邓布利多解释魔法石已被销毁，而在棋赛中差点丧命的罗恩和赫敏亦安然无恙。
至于奇洛教授不能抵受哈利触碰的原因，是因为哈利的母亲为舍身救他而去世，这给哈利与伏地魔对抗起了一个神奇的，基于爱的保护。 一年级的学期终结，哈利、罗恩和赫敏因为他们的英勇行为得到学院分数，而纳威·隆巴顿亦因为勇敢地站起来阻止朋友步向危险而得分，因此赢得“学院杯”。
当一众学生于暑期离开学院回家度假，哈利却意识到霍格沃茨才是他真正的家。
