1、险种不同。以灵活就业人员身份参保，只能缴纳养老和医疗保险，而通过单位缴纳社保，可以缴纳养老、医疗、生育、失业和工伤五险，缴纳的险种全，能享受的报销待遇更好。
2、成本不同。个人缴纳社保，养老保险缴费比例是20%，医疗保险缴费8%，合计28%。而单位缴纳社保，养老保险单位缴纳16%，个人8%，医保单位缴纳6%，个人缴纳2%，失业单位缴纳0.7%，个人0.3%，生育单位缴纳1%，工伤由于岗位不同，缴费比例也不同，一般职工是0.4%，合计34.4%.
3、享受补贴不同。以灵活就业人员身份参保，能享受国家的“4050政策”。
4、办理难度不同。办理社保的手续相当繁琐，需要的证件资料很多，加上社保机构的工作人员工作繁忙，没有时间认真细致的给自己解答问题，可能需要来回折腾好几天才能顺利参保，这也会浪费自己工作赚钱的时间。而通过单位缴纳社保，单位有专门人事，熟悉这些业务的流程，办理起来更高效。
5、退休年龄不同。就目前的退休年龄来说，以灵活就业人员身份参保，男性60周岁退休，女性统一55周岁，而单位缴纳社保，男性60周岁退休，女干部55周岁，女职工50周岁，所以对于女性来说，个人缴纳社保退休年龄会晚5年，领取养老金的待遇也会延迟5年。
原则上没有差别。
尽管个人交城镇职工基本养老保险是按20%费率交的，单位交社保是按28%的费率交的，但拨付到个人帐户都是其中的8%，所以退休核定养老金待遇时沒有区别。唯一有区别的就是选择的6个交费档次中的哪一个，若选择不一样，这会直接影响到个人帐户余额，退休核定待遇肯定就有区别了
