银杏属于深根性植物，根垂直分布，且分布较宽广，主根粗壮发达，一般深1.5米以上，在条件较好的地区种植，根系可深达5米左右，壮年树的根系集中分布在20-60厘米深、距树干5-8米范围内，根系的总重量可占总根重的70%。
银杏的叶子互生，在长枝上辐射状散生，在短枝上3至5枚一起簇生，在一年生长枝上螺旋状散生。银杏叶有细长的叶柄，在宽阔的叶子顶端有2裂至多裂的凹齿，宽5至8厘米，最宽可达15厘米。
银杏的叶形，还受到叶基两边分杈角度的影响。仔细观察一批实生树的叶片，可以发现，银杏叶基形状的变化较大，从弧形、三角形到箭形。这与叶原基的发育程度有关，不同的品种也有明显区别。一般长子型、佛手型的品种，叶基往往接近于三角形；而梅核型、龙眼型品种，叶基两边夹角往往大于180度，呈弧形，整个叶片从侧面看起来，像一只腰子。
银杏叶一般在中部有一较深的裂纹，使叶片分成大体相等的两半。每一半，一般还有2—4次浅裂。银杏叶裂缝的深度、数量，与种源、品种、性别、年龄及生长条件、管理措施等有关。一般雄树树叶裂缝较深，雌树树叶裂缝较浅；幼龄树树叶裂缝较深，成年树树叶裂缝较浅；小粒品种树叶裂缝较深，大粒品种树叶裂缝较浅；生长旺盛的树体及部位树叶裂缝较深，生长中庸的树体及部位树叶裂缝较浅。有人曾将中间裂缝的深浅作为判断银杏雌雄性别的依据。这种方法是靠不住的。因为，从雌树基部萌生的枝条，生长特别旺盛，叶子也有深度缺刻，裂纹也很深。
银杏叶片，一般长5.0—5.3厘米，最长达8厘米；一般宽7.0—8.5厘米，最宽达11.5厘米。每张叶片的面积为4.0-32.0平方厘米。叶面积的大小，与树势强弱有关。过度结实，树体因种种原因而衰弱时，单叶面积会大幅度减小，每个铃枝上的叶片数，也会减少，甚至会提前落叶。所以，每个铃枝上的叶片数，每叶的叶面积平均值，以及结实株叶片脱落的早晚，都可以用于判断该植株第二年能否正常开花结实。以泰兴佛指为例，如铃枝上有6片以上的叶片，叶面积正常，树叶能保存到11月上旬的，一般第二年仍能生产
银杏叶片抵御各种病原菌侵袭的能力较强。这也是银杏能延续存在2—3亿年之久不致灭绝的重要原因。把某些病菌芽孢保湿接种到银杏叶片上，它们虽能萌发并形成菌丝网络，但很难穿透银杏叶面的角质层而侵害其组织。相反，这时银杏叶片的细胞壁却会相应加厚。这种增厚现象，在叶脉受到机械损伤时也会发生。这就有效地防止了病原菌的侵袭。除了叶面构造的防病机制外，叶片内含有的聚乙烯醛和多种有机酸，也有明显的抑菌杀虫作用。
