庄子在哲学思想上继承和发展了老子“道法自然”的观点，使道家真正成为一个学派，他也成为了道家的重要代表人物。
庄子在哲学上，继承发展了老子的思想，认为“道”是客观真实的存在，把“道”视为宇宙万物的本源。他说：“道之真以修身，其绪余以为国家，其土苴以为天下。”意思是，大道的真髓、精华用以修身，它的余绪用以治理国家，它的糟粕用以教化天下。
又说：“无以人灭天，无以故灭命，无以得殉名，谨守而勿失，是谓友其真。”意思是，不要为了人工而毁灭天然，不要为了世故去毁灭性命，不要为了贪得去身殉名利，谨守天道而不离失，这就是返璞归真。
他认为，“道”是无限的、“自本子根”、“无所不在”的，强调事物的自生自化，否认有神的主宰。提出“通天下一气耳”和“人之生气之聚也，聚则为生，散则为死。”他的思想包含着朴素辨证法因素。
他认为“道”是“先天生地”的，从“道未始封”（即“道”是无界限差别的）。他看到一切事物都处在“无动而不变，无时而不移”中，却忽视了事物质的稳定性和差别性，认为“天下莫大于秋毫之末，而泰山为小；莫寿乎殇子，而彭祖为夭”。
他认为，天人之间、物我之间、生死之间以至万物，只存在着无条件的同一，即绝对的“齐”；主张齐物我、齐是非、齐生死、齐贵贱，幻想一种“天地与我并生，万物与我为一”的主观精神境界，安时处顺，逍遥自得，而学“道”的最后归宿，也唯有泯除一切差异，从“有待”进入“无待”。在思辩方法上，把相对主义绝对化，转向神秘的诡辩主义。
庄子认为人活在世上须旷达处之泰然，如“游于羿之彀中，中央者，中地也；然而不中者，命也”（《内篇·德充符》），羿，“古之善射者，夫利害相攻则天下皆羿也”，彀指利害得失，“故免乎弓矢之害者，自以为巧，欣然多己，及至不免，则自恨其谬而志伤神辱，斯未能达命之情者也”，中与不中而“知不可奈何而安之若命，唯有德者能之”。
对于君主的残暴，庄子是一再强调的，“回闻卫君，其年壮，其行独；轻用其国，而不见其过；轻用民死，死者以国量乎泽若蕉，民其无如矣。”。所以庄子不愿去做官，因为他认为伴君如伴虎，只能“顺”。
“汝不知夫养虎者乎！不敢以生物与之，为其杀之之怒也；不敢以全物与之，为其决之之怒；时其饥饱，达其怒心。虎之与人异类而媚养己者，顺也；故其杀者，逆也。还要防止马屁拍到马脚上，“夫爱马者，以筐盛矢，以蜄盛溺。适有蚊虻仆缘，而拊之不时，则缺衔毁首碎胸。”伴君之难，可见一斑。庄子认为人生应该追求自由。
