瓦刺国是因为准噶尔汗国军队发动突然袭击,南下翻越昆仑山脉,攻入拉萨,杀死了和硕特汗国最后一任君主拉藏汗,和硕特汗国灭亡。1718年清朝由青海出兵入藏,全军覆没;1720年,清朝第二次出兵,赶走准噶尔军,清朝在拉萨设立驻藏大臣。
内部矛盾开始激化。脱脱不花汗试图摆脱傀儡地位,他不立与也先姐所生的儿子为太子,另立他子。脱脱不花汗与也先之间的矛盾激化。也先拉拢和利用脱脱不花汗弟阿噶巴尔津济农,向他许诺打败脱脱不花汗后让其即位,邀其共击脱脱不花汗。景泰二年底,脱脱不花汗率先出兵征讨也先,中途而返,也先和阿噶巴尔津济农追击,打败脱脱不花汗,脱脱不花汗率数十人逃走,也先尽收其妻妾、太子及部属。脱脱不花汗逃至兀良哈地方,被其已休前妻之父沙不丹(清代译为彻卜登)擒杀。也先随后诱杀阿噶巴尔津济农,“凡故元头目苗裔无不见杀。”
后来瓦剌部落分散,逐渐衰落,内部事态鲜为人所知。但对外则西侵谢米列契地,并沿锡尔河洗劫了塔什干等城;向东争夺哈密,一度攻入肃州城,以求开拓东西方通道。一部分瓦剌人则向青海、甘州等地陆续转移。也先之后约一百五十年,哈剌忽喇兴起。