故事描述台湾发生的连续三宗恐怖离奇案件，由于案情实在过于离奇，且过去从未有过类似案件，台湾警方请求美国联邦调查局的协助，联邦调查局便派遣凯文莱斯（大卫·摩斯饰）探员来台协助。并由因揭发贪污同事而被同事排挤，并从刑事组调往外国事务组（外事组）的台湾警员黄火土（梁家辉饰）负责担任接待及翻译。一开始，三名不同死者分别死于同一种精神分裂状态，法医(杨贵媚饰)从死者鼻腔内采集到一种极为罕见的霉菌体，推算他们的死因都是被霉菌注入的钢珠射入冷气内透过空气传播而感染的。恰好三名死者都是社会上受争议人士。黄火土带领着凯文一起调查后续案件，发现所有事情根源都来自一栋商业大楼内隐藏的道观－－真仙观。其两名负责人曾是叱咤科技业的钜子，由于过度迷信宗教才将公司变卖，卖出所得则用来建造这间道观。一天，一名富家公子前来道观想借由观落阴好探取父母遗产的下落，却被人施以刨心之刑，成为连续杀入案中的第四位死者。市刑大接获通报立刻前来道观搜索，却遭到观内人员埋伏围杀，大部分警员死伤惨重。另一方面，凯文和火土追踪下，发现这间道观原属大陆某地深山，是负责人动用巨资从当地一砖一瓦运送来台，他们修行宗旨便是效法宋代黄大仙成仙方式，经过寒冰、火坑、抽肠、刨心、拔舌等五种酷刑来满足修仙要件，只不过他们将选择对象是社会上受争议之人。在道观内仔细搜查后，发现一名被关在地洞内的女孩，这女孩腹部有一块肉被割去，好培养令人产生高度幻觉的霉菌体。众人将她送医后，火土在观内找到一面石碑，石碑上记载着五名被害人的线索，其中还透露火土的死讯即将到来。火土带着凯文回家吃饭，庆祝这起案件宣告侦破。饭后凯文和火土酒后吐真言，双方各自透露自己家庭中的无奈及不安，同时凯文也十分佩服火土当年揭发贪污案的勇气。隔天一早醒来，火土大为震惊，他看见凯文陈尸在自己眼前，手里还握著自己的断舌，应验了石碑上第五名受害者。在调查过程中，员警勘验到火土家的冷气机也被霉菌体附着，而凯文死前也正因此感染。此外，火土发现自己鼻腔内也感染霉菌，经发现后立刻被送医。先前在道观中发现的被关押女孩，突然从医院失踪了，火土清醒后则向医生询问，正好这名医生便是女孩的主治医师。在医生的说明下得知，十七年前，女孩的母亲生下双胞胎后便死亡，而其中一名婴儿则是死胎，另一名正是她。她本名谢亚里，从小便患有脑肿瘤，宣称可以看到死去的姐姐陪在她身边。亚里天生还带有双瞳，可看见阴阳两界人鬼神，那些信徒便是她蛊惑而来的，利用修仙的名义成立道观，进而猎杀五名被害人。火土知道亚里清醒后一定会回到道观，立刻赶去追捕。在即将逮捕亚里前，火土被亚里散发出的霉菌体所控制，陷入心魔幻象当中。最后火土突破幻象，枪杀了亚里，亚里临死前告知自己修行已满，准备成仙而去，说完便咽气了。在亚里死后，火土也因霉菌感染严重，倒在地上奄奄一息。在被送上担架时，火土老婆在一旁不断呼喊，原本无法说话的女儿也突然开口呼喊爸爸，火土此时却奇迹似的流下眼泪，展现了新的生机。原来，当初的石碑还另外解析出四个字，那便是“有爱，不死”。
扩展资料：双瞳以“低温恐怖”作为申张，通片都是寒气深深的调子。把中国宗教里关于下地狱的说法用好莱坞惊悚片的结构包装起来，效果还算可以，尤其是结尾梁家辉在密室里找到那个有邪恶灵异的双瞳女子那段，恍惚迷离，很有《X档案》的味道。但要同《第六感》、《小岛惊魂》的结尾相比却还是差一截。演员方面，梁家辉、刘若英的表现都还可以，好莱坞演员大卫·摩斯的表演也可称道。而编导陈国富的表现则可以称作技法娴熟，比如第一个人被杀时，女秘书凑近前去看，镜头转去特写尸体头部，再转回来，已是法医戴着手套的手伸过来摸头，这样交代从发现到报警再到警方赶来的全过程就十分简洁。
