总的说有:
六道仙人:人称忍者始祖,十尾 人柱力,轮回眼拥有者;
木叶十二忍:木叶村的十二位新一代杰出忍者的统称,有漩涡鸣人、春野樱、日向雏田、日向宁次、李洛克、天天、犬冢牙、油女志乃、奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野,及已经叛离的宇智波佐助;
晓组织:一个由10名S级逃亡忍者组成的秘密组织。成员:零无-佩恩(尸体,本体长门)、白虎-小南(已退出)、朱雀-宇智波鼬(与宇智波佐助对决时因病身亡)、南斗-干柿鬼鲛(被阿凯所杀)、青龙-迪达拉(与佐助战斗时自爆身亡)、玉女-赤砂之蝎(放水自杀,死后由阿飞,也就是宇智波斑代替)、北斗-角都(败于鸣人,亡于卡卡西)、三台-飞段(被活埋)、玄武-绝、空陈-大蛇丸(已脱离,被封印)。现存2人:绝、宇智波斑(加上佐助的鹰小队,总共6人。)
三忍:自来也(与佩恩战斗死亡,临死前由蛤蟆传出暗号)、大蛇丸(被永久封印,后复活)、纲手
佩恩六道:天道(原弥彦),人间道,修罗道,畜生道,饿鬼道,地狱道(由外道长门控制)
忍刀七人众:水之国雾隐村的精英忍者,目前有六人出场,桃地再不斩、干柿鬼鲛、黑锄雷牙(动画原创)、长十郎、青、鬼灯满月。(再不斩,雷牙,干柿鬼鲛已死)
音忍五人众:君麻吕(与我爱罗和李洛克对战时因病而亡)、鬼童丸(死于日向宁次)、左近右近(死于牙、勘九郎)、多由也(死于鹿丸、手鞠)、次郎坊(死于秋道丁次);
宇智波一族:原有宇智波带土(止水的哥哥)、宇智波佐助、宇智波鼬(佐助的哥哥)、宇智波斑、宇智波泉奈(斑之弟)、宇智波富岳(佐助、鼬之父)、宇智波美琴(佐助、鼬之母)、宇智波止水、宇智波镜(481话团藏回忆中出现的伙伴),现仅剩宇智波佐助、宇智波斑;
日向一族:日向宁次、日向雏田、日向日差(宁次之父,已死)、日向花火、日向日足(雏田、花火之父);
油女一族:油女志乃(子)、油女志微(父);油女取根 ;
山中一族:山中井野(子)、山中亥一(父);山中风;
奈良一族:奈良鹿丸(子)、奈良鹿久(父);奈良吉乃
秋道一族:秋道丁次(子)、秋道丁座(父);
猪鹿蝶:山中亥一、奈良鹿久、秋道丁座 (老一代);山中井野、奈良鹿丸、秋道丁次(新一代);
旗木一族:旗木朔茂(木叶白牙,已死)(父)、旗木卡卡西(子);
森之千手一族:千手柱间、千手扉间、千手纲手、千手绳树;(除纲手外全部阵亡)
猿飞一族:猿飞日斩(三代目火影)(死于大蛇丸)、猿飞日落、猿飞阿斯玛(木叶丸的叔叔,死于飞段)、猿飞木叶丸;
鹰小队(原 蛇小队):宇智波佐助(队长)、鬼灯水月、天秤重吾、香磷(生死未卜);
根:团藏(被佐助击中心脏,生死未卜,后死)、佐井、信、风、都练、寺井等;