1、墨水的颗粒大小不同
染料墨水中的染料着色剂是以单分子方式完全溶解在墨水中，其着色剂颗粒小，易溶解于水或其他化学溶剂。染料墨水的染料着色剂存在有大量的亲水粒子，易溶解。染料墨水是分子级全溶解的墨水，一般直径是1~2纳米。
颜料墨水是由粒子组成的分散体，它的最小粒径要比染料墨水的分子直径大得多，为纳米至微米不等。用于制造颜料墨水的颜料粒径分为纳米级和微米级，其中纳米级粒径平均（LD50)在40-125纳米，最大粒径（LD90)不得超过180纳米，微米级粒径在0.125-0.300微米。
2、水溶性不同
染料墨水一般是水溶性墨水；颜料墨水是不溶于水的，所以需要超细分散后才能适用。
3、防水性能不同
染料墨水的染料着色剂存在有大量的亲水粒子，易溶解。这样一旦打印稿遇水，原先在介质上固定好的着色剂将再次溶解，并随着水的流动向四周扩散，造成严重的晕染现象。
颜料墨水由于颜料不溶于水，在打印纸张遇到水分时耐水性较强。
4、化学性能不同
染料墨水的着色剂直接暴露在空气中，在光线和臭氧等的作用下，染料着色剂的化学链可能断裂，造成着色剂变色等现象，使打印稿褪色，从而影响其保存性能。
颜料墨水的化学稳定性和光学稳定性好，耐水性和耐光性好，安全性高，打印颜色锐度和密度高。较大的颜料聚集体受到紫外线和臭氧作用时，仅仅表面层被破坏，内层的着色剂仍保持其颜色特性，因此有较高的耐光耐气候牢度。
5、使用时喷头堵塞情况不同
颜料墨水颗粒大，很容易造成堵头，打印的图象色泽不好，不鲜艳。
染料墨水不易发生堵塞喷头的现象，即便是堵塞，疏通喷头也较为简单。
6、使用效果不同
颜料墨水喷绘后易于被材料吸收，并且打印在平整光滑的纸张上，对光的放射表现很好，因此色彩还原的能力比较强，打印出来的图象色彩艳丽。
但由于染料墨水不像颜料墨水一样表面有一层聚合物的保护，因此在在恶劣的条件下，分子容易分解，造成褪色。
7、显色原理不同
染料墨水渗入到介质分子隙间沉淀后再形成色彩；颜料墨水是通过着色剂(颜料)以物理形式（使用高分子聚合物为粘合剂）附着在介质表面（如复印纸或打印材料等）后显色的。
