这跟它们的生活习性演化而来，古老的鲸可能曾经是一种海洋和陆地的两栖者，白天在海里以鱼为食，夜间又返回陆地。原始鲸鱼生长在陆地上靠猎取其他动物和鱼类为生。
后来，由于大量的鱼类的引诱，使它们逐渐移向大海。
从解剖学的观点看来，鲸类的许多特质都显现了对于海洋中生活的高度适应。然而，解剖学上的证据，并不足以解答许多有关鲸类起源的问题。
但是从生化与遗传学的角度来看，鲸类与有蹄类动物关系较近，且化石记录（约5000万年前）也支持鲸类是由有蹄类动物演化而来。
鲸类的祖先，极可能是产于北美、欧洲与亚洲的陆栖有蹄类动物——中爪兽科
中爪兽的成员有的娇小如家犬，也有的高大如熊，但是许多动物的演化过程都是由小而大，因而鲸类有可能是由小型的中爪兽演化而来。
根据推测，这些齿数不多，在浅水区捕鱼的中爪兽，经由逐渐转变为水陆两栖的生活形式后，再于漫长的演化过程中变成的各种鲸与海豚
蓝鲸由来：
蓝鲸的祖先是巴基兽，又被称为巴基鲸，诞生于5200万年前的始新世时期，主要生活于浅海附近的陆地上，有着非常明显的陆地哺乳动物特征，颅骨像狼或者狗，而它的四肢也还没有退化为鳍状，偶尔会下水捕鱼，拥有着和现代鲸鱼类似的内耳骨结构。
不管是蓝鲸，还是虎鲸，几乎所有的鲸下目动物的祖先都是巴基兽，它被认为是最古老的现代鲸类祖先，也就是说海豚的祖先也是它。不过它虽然也属于鲸下目，但是它并不是水生动物，不仅会捕食小型陆地生物，也会偶尔下海捕鱼，当然也可能会吃少量的植物果实等，看起来和现代的鲸鱼完全没有任何的相似之处，不过科学家发现它的内耳骨结构几乎完全和现代鲸鱼相同。
作为蓝鲸最源头的祖先，它几乎完全保留了陆地哺乳动物的全部特征，整体看起来就像是黄鼠狼或者犬科，吻部呈现锥形，主要利用四足行走，四肢都是指爪状，尾巴细长，全身长有浓密的毛发，不过它的内耳骨、臼齿上出现的锯齿、折叠的中耳等特征都和现代鲸鱼没有太大的差别，而这些都是为了方便水下活动，避免水部压力而演化来的。
蓝鲸进化史
很多人肯定都有疑问，为什么巴基兽好好的不在陆地上，偏偏要到海中捕食了，其实也是生活所迫，巴基兽在始新世时期进化的并没有其他奇蹄目动物成熟，所以它获得的食物也非常有限，加上环境变化，从而使得它们被迫下海狩猎，于是在700万年之后它就进化为了游走鲸，也逐渐找到了自己的生态位，游走鲸的前肢退化，后肢则进化为鱼鳍状，尾巴呈现船桨状，游动的速度变得更快。
为了适应水中的饮水，鲸类的鼻孔也进化的越来越靠后，这也是现代鲸类的喷水口的前身，等到第五次物种大灭绝的时候，鲸类顽强的存活了下来，经过800万年前的进化，最终成为了龙王鲸，之后又来全球冰河时期到来，最终龙王鲸灭绝，才有了现代鲸类，也演化出了各种类别，蓝鲸就是其中之一，所以巴基兽属于蓝鲸的最终祖先。
