根据它们营养细胞中色素的成分和含量及其同化产物、运动细胞的鞭毛以及生殖方法等分为若干个独立的门。对于分门的看法，也有很大的分歧，我国藻类学家多主张将藻类分为12个门。9个主要门：金藻门，黄藻门，硅藻门，甲藻门，褐藻门，红藻门，裸藻门，绿藻门，轮藻门，蓝藻门
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