主要有剧情、地图、支线、宝可梦、音乐和游戏难度的区别。
如果是你通关党，日月是不错的选择。如果你热衷于对战和收集，那么究极日月会是更好的选择。
1、剧情区别：究极日月主线与日月的差异大概有20% 左右(不含二周目与究极洞)，大多是细节或流程更动(修正)，美乐美乐(一岛)变化较多些，二岛后变化就慢慢少了。
2、地图区别：究极日月比日月增加了照相馆、冲浪海滩与小道馆(叁岛)。
3、支线区别：究极日月比日月多了些小支线，宝可梦探索镜的地点多了一两个。
4、宝可梦区别：究极日月比日月宝可梦的种类更多，可以抓到的种类也就更多了。
5、音乐区别：究极日月对战音乐较日月动感许多。
6、游戏难度区别：究极日月较日月提高了一些，如到达乌拉乌拉岛(叁岛)后，与哈乌的对战中，日月版中他仅使用3只宝可梦；在究极日月中，他使用了5只宝可梦。其次，在路上的路人对战难度也有所增加。
日月为究极日月埋下了伏笔：
伏笔1：:日月每一个岛上都有一座城市空地，市政府的人也告诉你不知道建什么好，最后库库伊博士建成了阿罗拉联盟，但是只有四天王(还找了主角去充冠军)并没有建道馆。
伏笔2：莉莉艾去关东修行救妈妈，链接动画的话莉莉艾第一只正式宠是冰系的六尾白晃晃，虽然担心她在关东抓不到白色六尾，但是无论是动画ed中的尬舞还是莉莉艾的穿着，都暗示她将成为冰系大师。
