甲基蓝和孔雀石绿都是有机染料，主要用于生物实验室中细胞核的染色。它们的区别如下：
1. 化学结构不同：甲基蓝的化学名称是methylthioninium chloride，分子式为C16H18ClN3S，孔雀石绿的化学名称是malachite green，分子式为C23H25N2。
2. 染色效果不同：甲基蓝和孔雀石绿在生物实验中都可用于染色，但它们染色的结果略有不同。甲基蓝染色后，细胞核中呈现出深蓝色，而孔雀石绿染色后细胞核呈现出绿色或翠绿色。
3. 毒性不同：孔雀石绿的毒性相对较高，且有致癌作用。因此，在一些国家，孔雀石绿已被禁止使用。而甲基蓝毒性相对较低，且不会引起致癌作用，被广泛应用于生物实验室中。
4. 价格不同：由于甲基蓝的生产成本相对较低，因此其价格也比孔雀石绿便宜。
总之，甲基蓝和孔雀石绿虽然在生物实验中都可用于细胞核的染色，但其化学结构、染色效果、毒性以及价格等方面存在明显的差异。
甲基蓝又称油脂蓝、棉蓝、溶剂蓝8B、酸性蓝93、品蓝，是一种芳香杂环化合物，被用作生物染色剂
孔雀石绿，是人工合成的有机化合物，是一种有毒的三苯甲烷类化学物，既是染料，也是杀真菌、杀细菌、杀寄生虫的药物
