第一个：贝加尔湖是淡水湖，为何湖中生活着许多的海洋生物？
既然贝加尔湖是世界上蓄水量最大的淡水湖，那么湖内生活的一定是淡水生物才对，可是，贝加尔湖却生存着海豹、海螺、海鱼、龙虾等等的海洋生物。
第二个谜团就是关于贝加尔湖的地图为何经常更新。由于贝加尔湖位于板块间的交界处，所以几乎在每一次的地震，或微小的板块运动后，它的湖面面积和位置都会有轻微的改变。
第三个难以解释的未解之谜，就是贝加尔湖只是一个淡水湖，为何其水质竟非常优秀？
接下来的未解之谜就更奇异了，那就是“蓝冰”的存在。贝加尔湖向来都以“世界上最清澈的湖泊”闻名，但是到了湖面结冰的时候，就会发现，湖面上出现了无数个闪烁着蓝色光芒的冰块，这些蓝冰是如何形成的，至今没有一个令人信服的解释，可以说这又是一个未解之谜。
最后一个谜题是关于贝加尔湖的形成之谜，由于贝加尔湖存在于印度板块与欧亚板块之间，所以很多学者认为贝加尔湖形成于板块的运动，可是随后的发现却否决了这一猜想，那就是贝加尔湖湖底采集的岩芯样品中，并没有发现中生代的沉积层，只有新生代的沉积层，可见，贝加尔湖并不是由于板块运动而形成的，故此，贝加尔湖的形成过程堪称一个更大的未解之谜。
