《斛珠夫人》讲述了九州大陆上的大徵王朝朝堂与后宫当中,帝旭、权臣方诸和奇女子海市三人,面对纷繁复杂的权利斗争,坚定守护和平的故事。
在大徵沉重珠税的压迫下,渔民不得已绞杀亲子,使鲛人落泪换取鲛珠,因此遭遇险丧命的叶海市,又经历父亲亡故村落遭屠的悲剧。
生死攸关之际,她得到途经此地的大徵权臣方诸相救,被方诸带回天启拜方诸为师,改名方海市并以男装示人,履立战功守护大徵和平,功绩不断。
方海市在与方诸经年的相处中产生情愫,而方诸却因对大徵和皇帝帝旭的守护使命无法回应。而后,方诸为保护海市被迫拆穿其女子身份,将其送到帝旭身边,并引发一系列纠葛。