1.建溪书院。位于龙文区朝阳镇翁建社，为龙文区最早的古书院，毁于民国洪灾。清光绪《漳州府志》载：“建溪书院，在二十二都翁建社，洪武二十二年乡人苏廷贵建。国朝乾隆二十一年，绅士王天柱等捐修。”建溪，是九十九湾的古代名字，它在翁建的海潮堂前一分为二：一路主干流向西，一路翁建港（今遗迹仍存）向东南。相传“海潮堂”曾是朱熹的讲学处，相传是由于朱熹的感召力而形成了村庄，人们感其德，故名“翁建”——晦翁所建。
建溪书院原址不详。根据古书院常与庙堂结合的特点，其原址可能就是“海潮堂”——如今九十九湾边上的翁建桥边。

2.芗江书院。位于九十九湾入口处内林社内，明代府志载其始建名字为“龙江书院”。清光绪《漳州府志》载：“芗江书院在二十三四都翰林社，即文公祠也。洪武二十三年初，守钱古训、令刘孟雍创。祀文公，以陈淳、黄榦、刘宗道配。正统间，守甘瑛修，嘉靖二十八年令林松修，岁入威惠庙租银十两，今现存。”
值得注意的是，始建于宋嘉定年间的漳州芝山书院，最早也叫“龙江书院”，两同名书院之间，也许存在着某种渊源。另外，府志的记载有三个重要信息：一是芗江书院由漳州知府与龙溪县令创办，正统年间又由知府、县令重修，每年还有经费纹银十两，可见该书院很可能是为数极少的官办书院；二是芗江书院同时也是朱文公祠；三是清光绪年间书院还存在。据说毁于民国年间的洪灾，具体地址不详。
3.慧山书院（慧眼山房）。位于蓝田街道梧店社好景山次峰（今景山公园），毁于清代。慧山书院一名并未录入方志，只有古迹记载的慧眼山房。清乾隆《龙溪县志.古迹卷》：“慧眼山房在好景山次峰慧山之上，明陈天定买山种松、著书其中。后祀陈天定遗像，下有贤人泉……”
慧山书院是后人对位于慧山两处学堂的统称：一处是明隆庆年间，陈氏族人在慧山山麓修筑的、供子弟修文习武的“学顶社”；二是天启年间，吏部郎中陈天定在慧山慧眼岩左侧所筑的慧眼山房。
4.邺山书院。位于古江东桥西岸溯北溪三四里处，始建于崇祯十六年（1643年），毁于清末。该地隶属龙文区朝阳街道科坑社区。
清代《漳州府志》载：“邺山书院，在邺侯山，明詹事黄道周讲学于此，中建讲堂，撰讲仪，具琴瑟钟鼓，四方之士从游者数百人，后圮。”邺山书院是崇祯年间黄道周创办的书院，岁久尽圮。清乾隆年间巡道单德谟重建讲堂，进士黄宽任江西崇义县令，假归后在邺山书院掌教20年，后因兵燹渐荒废。今仍遗十一处的摩崖石刻：黄道周题“蓬莱峡”、“芙蓉峡”、“道不绝风”、“墨池”和“游磬”，黄宽题“黄岩洞”、“静如太古”；黄可润题“得珠”、“冠峰”、“蕉叶” ，单德谟题“吾道南来”。
