驴的育种方法，主要包括本品种选育和杂交改良。本品种选育本品种选育也称纯种繁育，是指同品种内的公、母驴的繁殖和选育。通过选种配种、品质繁育、改善培育条件以提高优良性状的基因频率，改进品种质量。
为防止驴种退化，要根据不同情况，采取不同的选育方法。(1)血液更新血液更新又叫“血缘更新”，是防止近交退化的措施之一。 指对近交而表现出生活力衰退的个体，引用其有类似性状，而无血缘关系的同品种驴与它交配1次。
即暂时停止近交，引进外血，以便在不动摇原有亲交群遗传结构的条件下，使亲交后代具有较强的生活力和更好的生产力。对于本场内或本地公驴范围小，而且多年用的种驴往往血缘关系较近，如不及时换种公驴，很容易造成近亲。
通过血液更新、加强词养管理和锻炼，就可以避免造成生活力降低等问题。(2)冲血杂交冲血杂交又称导人杂交、引人杂交和改良杂交。如果纠正驴种某一个别缺点，或生产性能的缺陷，其他方面基本上就可以满足品种的要求，采用纯种繁育短期又不能见效，在此种情况下，可有针对性地选择不具这一缺点的优良品种来跟它杂交，来改进。
为了不改变被改良品种的主要特点，一般只杂交一次。以后在杂交第一代杂种群中，选择优秀的杂种公、母驴和需要改良的公、母驴分别交配，如所生后代较理想，就使杂种公、母驴进行自群繁育。
采用这种杂交方法，在小型驴和中型驴分布地区经常采用，往往是引人大型驴进行低代（1-2代）杂交，以提高其品质，而不改变小型或中型的吃苦耐劳、适应性强的特征。 (3)品系（族）繁育品系（族）繁育是指为了育成各种理想的品系（族）而进行的一系列繁育工作。
其工作内容：首先培育和选出优秀的个体作为系（族）祖。其次充分利用这头优秀种畜，并通过同质选配或亲缘交配，育出大量具有和系（族）祖类似特征的后代。再次在后代中选出最优秀又最近似系（族）祖的个体作为继承者，同时淘汰不合格品系（族）的个体，继续繁育建立品系。
最后进行不同品系（族）的结合，以获得生命力强、特点多的优秀种畜，并从中选出新的系（族）个体，建立新的综合品系（族），以后又让各品系（族)结合，又得到更为优秀的种畜，从而使品种不断提高和发展。
所以，品系繁育是选择遗传稳定、优点突出的公驴作为系祖，选择具备品系特点的母驴，采用同质选配的繁育方法进行的。 建系初期要闭锁繁育，亲缘选配以中亲为好，要严格淘汰不合格品系特点的驴，经3-4代即可建立品系，建系时要注意多选留一些不同来源的公驴，以免后代被迫近交。
品系建立后，长期的同质繁育，会使驴的适应性、生活力减弱，这可通过品系间杂交得以改善。品族是指以一些优秀母驴的后代形成的家族。品族繁育是驴群中有优秀母驴而缺少优秀的公驴或公驴少，血缘窄，不宜建立品系而采用的。
驴的杂交对分布在大、中型驴产区的小型驴实施，即用大、中型公驴配小型母驴。这些地区农副产品丰富，伺养管理条件相当优越，当地群众有对驴选种、选配经验，通代累代杂交，品质提高很快。杂交，对肉用驴的培育也是一种可行的重要方法。
