1、事业单位使用事业编制，按编制类型来分，可以分为全额事业单位、差额事业单位、自收自支事业单位。其中全额是指人员经费、工资福利等由财政全额供养的单位，差额单位和自收自支单位都具备一部分或者全部的生产经营职能，可以部分或者全部自给。在事业单位改革中，自收自支事业单位要进行转型，将承担的公益服务职能，整合到其他事业单位，将承担的生产经营、收费、中介等职能，推向社会，参与市场自由竞争。《机构编制法》颁布之后，除法律规定的编制类型外，不允许使用自收自支、自定、自筹类编制。
2、按事业单位分类改革中规定的分类，事业单位可以分为行政类事业单位、公益类事业单位、生产经营类事业单位。行政类事业单位，是指完全、主要或者部分承担行政职能的事业单位，目前省市县三级此类事业单位正在改革，要求将其承担的行政职能，全部划归行政机关行使，承担的公益服务职能保留，按其职能性质进行整合。
公益类事业单位，又分为公益一类和公益二类。公益二类事业单位改革要求，将其承担的生产经营、中介、收费等职能剥离，改制为企业运营，将其承担的公益服务职能进行整合。今后，事业单位实行政事分开、政企分开、管办分离，只承担公益服务职能。
生产经营类事业单位，是指其生产的产品或提供的服务，可以由市场代替。这类事业单位全面改企，机构撤销，使用的事业单位收回统筹使用，自收自支和自定自筹类编制撤销。正式职工和退役军人分流到其他事业单位任职，人事代理、合同工、劳务派遣工等合同制管理人员自主择业。
3、按管理权限划分，事业单位又可以分为党委直属事业单位、政府直属事业单位、行政部门下属的事业单位，以及行政部门的内设机构、事业单位的下属事业单位等。
4、按级别不同，又可以分为省直、市直、县直事业单位，乡镇的七站八所等。
5、按财政状况，还可以分为财政独立的事业单位，财政未独立的事业单位。
6、按是否具备独立的法人资格，又可以分为法人事业单位，非法人事业单位。
7、事业单位受机构个数和职能限制，各地成立的事业单位中，省、市级别的基本相似，县区比较复杂，有的多有的少，有的单独成立，有的职能整合成立综合中心，并不要求一一对应。
