一、软件的研发开发区别：mapgis是由中国地质大学开发的通用工具型地理信息系统软件，而arcgis是由美国ESRI公司美国环境系统研究所，该软件于世界应用极广。
二、成本区别：mapgis软件的采购成本比arcgis的低。其次，第一期的项目采用的库文件，mapgis的对照关系有记录，因此可以直接采用，而arcgis第一期的项目采用的库文件必须重新更改，因此其成本也大大上升。
三、制图功能上的区别：mapgis软件采用的是CMYK印刷色格式，其出色效果相对真实，于地质领域上显示成色更好。而arcgis软件则采用的是RGB的成色格式，在制图过程中存在一定的色差。
四、数据库系统的区别：mapgis软件的数据库格式没有一个统一的规范，字段没有规定一定的字节，因此在转化至arcgis软件格式时经常会出现错误，其修改和检查十分繁琐。而从arcgis软件数据库转化至mapgis软件中均不会出现错误。
五、拓展性和适用范围的区别：mapgis软件的三维、开发等能力有限，其软件的分析功能无法与arcgis软件对比，而arcgis软件的专业程度又远远高于mapgis。因此arcgis软件于全球均适用，而mapgis软件多应用于国内。
